Excavata
Comme les Rhizaria, les Excavata (Figures 5(e)-5(j)) sont principalement une collection de protozoaires, mais comprennent également un seul groupe d’algues secondaires. L’ancêtre commun le plus récent des excavés était un flagellé (probablement un bactérivore vivant librement) doté d’une large rainure d’alimentation caractéristique, et divers groupes vivants libres actuels présentent encore cette forme cellulaire de base (Simpson, 2003 ; p. ex., figure 5(f)). Les excavés sont divisés en deux sous-groupes principaux, Metamonada et Discoba (Hampl et al., 2009). Les métamonades descendent d’un ancêtre commun qui avait perdu la capacité d’effectuer la respiration aérobie et, par conséquent, possèdent des mitochondries très modifiées de divers types, dépourvues de génomes mitochondriaux (Cavalier-Smith, 2003 ; Stairs et al., 2015). De nombreuses métamonades vivent librement et habitent des environnements marins ou d’eau douce pauvres en oxygène (par exemple, Kolisko et al., 2010 ; Figure 5(f)), mais plusieurs sous-groupes sont devenus des parasites spécialisés ou des symbiotes d’animaux. Le parasite intestinal Giardia et le parasite urogénital Trichomonas vaginalis sont des agents pathogènes humains très répandus (par ex, Adam, 2001 ; Lehker et Alderete, 2000), cependant, il existe également une diversité spectaculaire de métamonades symbiotiques dans les boyaux de nombreux termites xylophages (Brugerolle et Lee, 2002a,b ; figure 5(e)).
La plupart des Discoba ont des mitochondries aérobies avec des génomes organellaires, en fait, le petit groupe de flagellés Jakobida (par ex, Reclinomonas et Andalucia) ont des génomes mitochondriaux qui conservent plus de gènes uniques, et plus de caractéristiques de type bactérien, que ceux de tout autre eucaryote (Burger et al., 2013 ; Lang et al., 1997). Les Discoba comprennent également les Heterolobosea (figure 5(g)), dont beaucoup présentent une alternance de phases amibienne et flagellée (la tristement célèbre « amibe mangeuse de cerveau » Naegleria fowleri est une hétérolobosea ; voir Visvesvara, 2013). Le dernier grand groupe de Discoba, Euglenozoa, comprend de nombreux protozoaires flagellés qui sont d’abondants bactérivores associés à la surface et prédateurs d’eucaryotes microbiens (par exemple, les kinétoplastides « bodonides » et les euglenides phagotrophes ; Boenigk et Arndt, 2002 ; Larsen et Patterson, 1990 ; figure 5(j)). Il comprend également les kinétoplastides parasites à l’origine de la maladie du sommeil, de la maladie de Chagas et de la leishmaniose chez l’homme (toutes causées par des trypanosomatides différents ; figure 5(h)), ainsi que plusieurs maladies importantes des animaux et de quelques plantes (Simpson et al., 2006 ; Vickerman, 2002). Les euglènes sont également le foyer taxonomique des euglènes photosynthétiques, qui sont des algues secondaires avec un plastide d’origine algale verte (voir ci-dessus ; Figure 5(i)).