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Dans une de ses premières œuvres, un traité médical sur les vertus du lait, Libellus de lacte et operibus lactariis (1545), il inclut une lettre à un ami dans laquelle il vante les montagnes comme l’une des plus grandes merveilles de la nature. Cette référence et un compte rendu ultérieur de son escalade du mont Pilate (1555) fournissent l’un des premiers documents sur l’alpinisme.
En 1545, Gesner a publié sa Bibliotheca universalis, la première bibliographie de ce type, répertoriant environ 1800 auteurs par ordre alphabétique avec les titres de leurs œuvres, des annotations, des évaluations et des commentaires sur la nature et le mérite de chaque entrée. Cette référence monumentale a été suivie en 1548 par l’ouvrage encyclopédique Pandectarum sive Partitionum universalium Conradi Gesneri…libri xxi, dans lequel Gesner a tenté de recenser les connaissances enregistrées du monde sous 21 rubriques. Les 19 premiers livres ont été publiés en 1548 ; le dernier, consacré à la pensée théologique, a été publié en 1549, tandis que le 20e, sur la médecine, n’a jamais été achevé.
La prochaine réalisation monumentale de Gesner était un recueil des connaissances enregistrées concernant la vie animale, l’Historiae animalium, dans lequel il a cherché à distinguer les faits observés des mythes et des erreurs populaires. Le premier volume (1551), un ouvrage généreusement illustré de 1 100 pages in-folio, portait sur les quadrupèdes vivipares (animaux à quatre pattes qui portent des petits vivants). Des volumes ultérieurs consacrés aux quadrupèdes ovipares (ceux qui font éclore les petits à partir d’œufs), aux oiseaux, aux poissons et autres animaux aquatiques ont suivi en 1554, 1555 et 1556 ; le cinquième volume, partiellement achevé, sur les serpents, a été publié à titre posthume en 1587.
Gesner n’a jamais achevé une étude aussi complète de la vie végétale, mais ses notes et environ 1 500 gravures sur bois de plantes et de leurs importantes fleurs et graines ont été utilisées par d’autres auteurs pendant deux siècles après sa mort. Bien que de son vivant, il soit surtout connu pour ses travaux botaniques, Gesner a également publié Mithridates : de differentis linguis (1555), un compte rendu d’environ 130 langues alors connues, et une édition (1556) des œuvres de l’écrivain romain du 3e siècle Claudius Aelian.