City of Boerne v. Flores, affaire dans laquelle la Cour suprême des États-Unis, le 25 juin 1997, a jugé (6-3) que la loi sur la restauration de la liberté religieuse (RFRA) de 1993 dépassait les pouvoirs du Congrès. Selon la cour, bien que la loi soit constitutionnelle concernant les actions fédérales, elle ne pouvait pas être appliquée aux États.
À Boerne, au Texas, l’église catholique locale, un bâtiment traditionnel de style adobe, était devenue trop petite pour sa congrégation, et en 1993 Patrick F. Flores, l’archevêque de San Antonio, a demandé un permis pour agrandir l’église. Le conseil municipal a refusé le permis, invoquant une ordonnance visant à préserver son quartier historique. Flores a intenté une action en justice, affirmant que le refus du permis violait la RFRA, qui stipule que « le gouvernement ne doit pas imposer une charge substantielle à l’exercice de la religion d’une personne, même si la charge résulte d’une règle d’application générale ». La loi s’applique au gouvernement fédéral et aux gouvernements des États.
La RFRA est intervenue trois ans après l’affaire Employment Division, Department of Human Resources of Oregon v. Smith (1990), dans laquelle la Cour suprême a statué qu’un État pouvait refuser les allocations de chômage aux membres de l’Église amérindienne qui avaient été licenciés parce qu’ils avaient ingéré du peyotl à des fins sacramentelles ; la Cour a expliqué que les lois qui sont officiellement neutres par rapport à la religion peuvent être appliquées par le gouvernement. En réponse, le Congrès a adopté la RFRA, rendant plus difficile pour les gouvernements de passer outre les libertés religieuses. En étendant la loi aux gouvernements des États, le Congrès s’est appuyé sur la section 5 du quatorzième amendement, qui lui a donné le pouvoir d’appliquer les dispositions de cet amendement ; le quatorzième amendement exige une procédure régulière avant de priver toute personne de la vie, de la liberté ou de la propriété, et une protection égale en vertu de la loi.
Dans l’affaire Flores, un tribunal fédéral de district a statué en faveur de Boerne, estimant que la RFRA était inconstitutionnelle. La Cour d’appel du cinquième circuit a toutefois fait marche arrière en jugeant la loi constitutionnelle.
L’affaire a été plaidée devant la Cour suprême le 19 février 1997. Elle a jugé que le Congrès n’a pas un pouvoir discrétionnaire illimité pour promulguer des lois en vertu de la section 5 du quatorzième amendement. Le Congrès a seulement le pouvoir d’appliquer les dispositions, a déclaré la Cour, mais il ne peut pas modifier le droit qu’il applique. En fait, le Congrès dispose d’un pouvoir correctif pour prévenir les abus en vertu du quatorzième amendement. Pour illustrer ce point, la Cour a cité la loi sur le droit de vote de 1965. La Cour avait confirmé cette loi dans plusieurs affaires, estimant que le Congrès avait le droit d’adopter des « mesures correctives et préventives » fortes pour corriger « la discrimination raciale généralisée et persistante » aux États-Unis. Dans le cas de la RFRA, cependant, la Cour a estimé que l’historique législatif de la loi manquait « d’exemples de lois d’application générale adoptées pour cause de sectarisme religieux au cours des 40 dernières années ». En outre, la cour a estimé que la loi était « si disproportionnée par rapport à un objet supposé correctif ou préventif qu’elle ne peut être comprise comme répondant à, ou conçue pour prévenir, un comportement inconstitutionnel. »
En outre, la cour a estimé que le RFRA était trop large et conduirait à une intrusion à tous les niveaux du gouvernement. Le tribunal s’est demandé comment il déterminerait si l’action gouvernementale a substantiellement entravé la liberté de religion d’une personne. La cour a conclu que la RFRA était « une intrusion considérable du Congrès dans les prérogatives traditionnelles et l’autorité générale des États » et qu’elle était donc inconstitutionnelle lorsqu’elle était appliquée aux États. La décision du cinquième circuit a été annulée.