Der Kaiserspecht wird von der IUCN und BirdLife International offiziell als „vom Aussterben bedroht (möglicherweise ausgestorben)“ geführt. Er war in der Vergangenheit keine seltene Art in einem geeigneten Lebensraum, aber die Gesamtpopulation hat wahrscheinlich nie mehr als 8.000 Individuen gezählt (Lammertink et al. 1996). Es wird angenommen, dass eine verbleibende Population winzig ist (weniger als 50 geschlechtsreife Individuen), da es seit 1956 keine bestätigten Nachweise mehr gibt; Analysen der verbleibenden Lebensräume deuten darauf hin, dass es keine Gebiete mehr gibt, die groß genug sind, um die Art zu erhalten. Der letzte bestätigte Nachweis stammt aus Durango aus dem Jahr 1956, und die Art ist jetzt sehr wahrscheinlich ausgestorben. Wenn sie ausgestorben ist, dann aufgrund der Zerstörung und Fragmentierung ihres Lebensraums in Verbindung mit der Jagd. Diese Faktoren sind der Grund dafür, dass die Art seit über 60 Jahren nicht mehr gesichtet wurde, obwohl es lokale Berichte über Sichtungen gab. Die Forscher glauben, dass ihr Rückgang auch durch aktive Ausrottungskampagnen von Holzfällerinteressen und durch die übermäßige Bejagung beschleunigt wurde – für die Verwendung in der Volksmedizin und weil Nestlinge bei den Tarahumara als Delikatesse galten. Er wurde lange Zeit als Sportart, Nahrungsmittel und zu medizinischen Zwecken gejagt, und Federn und Schnäbel wurden Berichten zufolge von den Tepheuana- und Huichol-Stämmen im Süden von Durango für Rituale verwendet. Außerdem sind Kaiserspechte atemberaubende Vögel, und als die Art immer seltener wurde, wurden viele von ihnen offenbar von Menschen geschossen, die noch nie einen solchen Vogel gesehen hatten und ihn aus der Nähe betrachten wollten.
Der Lebensraum, in dem sich der Kaiserspecht aufhielt, war überwiegend in Nadelwäldern (Geländestufen in 2.700-2.900 m Höhe). Das Gebiet, in dem sie lebten, war reich an großen toten Bäumen, was mit ihrem Aussterben in Zusammenhang stehen könnte. Das Gebiet war bis 2010 mehrfach gerodet und abgeholzt worden. In der Naturschutzbiologie werden immer mehr Anstrengungen unternommen, um das Aussterberisiko zu analysieren und nach den seltenen, lange nicht gesehenen Arten zu suchen. Es gibt eine Handvoll neuerer, unbestätigter Sichtungen, von denen die jüngste kurz nach der Veröffentlichung der angeblichen Wiederentdeckung des Elfenbeinspechts im Jahr 2005 erfolgte. Lammertink et al. (1996) kommen nach eingehender Prüfung der Berichte nach 1956 zu dem Schluss, dass die Art im zentralen Teil ihres Verbreitungsgebiets tatsächlich bis in die 1990er Jahre überlebt hat, halten ein weiteres Überleben aber auch für sehr unwahrscheinlich. Demnach war die Population in historischer Zeit stets begrenzt, obwohl die Art vor dem katastrophalen Rückgang in den 1950er Jahren tatsächlich in maximaler Dichte vorhanden war. Der Mangel an guten Aufzeichnungen aus dieser Zeit beruht offenbar eher auf mangelnder Forschung als auf tatsächlicher Seltenheit, was sich jedoch nur ein Jahrzehnt später radikal geändert zu haben scheint.
Feldforschungen von Tim Gallagher und Martjan Lammertink, über die Gallagher in seinem 2013 erschienenen Buch berichtet, erbrachten Beweise – in Form von Berichten älterer Anwohner im Verbreitungsgebiet des Vogels, die Kaiserspechte Jahrzehnte zuvor gesehen hatten und ihre Erinnerungen mit den Forschern besprachen -, dass Förster, die in den 1950er Jahren mit mexikanischen Holzunternehmen zusammenarbeiteten, den Einheimischen erzählten, dass die Spechte wertvolles Holz zerstörten, und die Menschen ermutigten, die Vögel zu töten. Im Rahmen dieser Kampagne gaben die Förster den Anwohnern Gift, mit dem sie die Bäume bestreichen konnten, auf denen die Vögel fressen. Da Gruppen von Kaiserspechten dazu neigten, sich bis zu zwei Wochen lang von einer einzigen großen, abgestorbenen, alten Kiefer zu ernähren, wäre die Anwendung von Gift auf einen solchen Baum ein wirksames Mittel, um eine Gruppe von bis zu einem Dutzend dieser riesigen Spechte auszulöschen – und vielleicht sogar, um nachfolgende Gruppen dieser Vögel, die in das Gebiet ziehen und von demselben Baum angezogen werden könnten, zu töten. Gallagher vermutet, dass eine solche Vergiftungskampagne der Schlüssel zu dem scheinbar katastrophalen Zusammenbruch der Population in den 1950er Jahren sein könnte, für den es bisher keine befriedigende Erklärung gibt. Eine Vergiftungskampagne könnte ganze Gruppen des Vogels in kurzer Zeit getötet haben. Die Prämisse, wertvolles Holz vor den Spechten zu schützen, war in der Tat unbegründet. Kaiserspechte suchen nicht nach lebenden, gesunden Bäumen und graben dort auch keine Nist- oder Schlafhöhlen.
In Gallaghers Roman Der Gralsvogel (2006) beschreibt er, wie schwierig die Suche nach dem Kaiserspecht aufgrund seiner gefährlichen Lage ist. In Mexikos Sierra Madre Occidental gibt es große Marihuana- und Schlafmohnanbaugebiete, die von bewaffneten Wächtern bewacht werden. Die Drogenkartelle töten oft jeden, der ihren Ernten zu nahe kommt.
Eine Suche in der institutsübergreifenden Online-Exemplardatenbank VertNet zeigt, dass nur 144 physische Exemplare des Kaiserspechts existieren, darunter nur 3 bekannte vollständige Skelette. Ein übersehenes Spechtskelett aus dem Natural History Museum in Tring scheint ebenfalls zu dieser Art zu gehören. Die Art ist auch durch einen einzigen Amateurfilm aus dem Jahr 1956 bekannt, der einen Vogel beim Klettern, bei der Futtersuche und im Flug zeigt. Der Film wurde von der Cornell University restauriert und veröffentlicht. Gallaghers Inspiration für die Suche nach dem Kaiserspecht war die Entdeckung dieses Films von 1956 durch den Zahnarzt William Rhein, der auf der Suche nach dem Kaiserspecht mehrere Reisen nach Mexiko unternahm. Dies ist die einzige bekannte fotografische Aufzeichnung dieser Art.