Viele Historiker halten Lee für den Begründer der modernen Krisenkommunikation. Sein Hauptkonkurrent in der neuen Public-Relations-Branche war Edward Bernays, und ihm wird zugeschrieben, Pendleton Dudley beeinflusst zu haben, in das damals aufkeimende Feld einzusteigen.

Im Jahr 1914 sollte er in viel größerem Umfang in die Öffentlichkeitsarbeit einsteigen, als er von John D. Rockefeller Jr. beauftragt wurde, seine Familie und Standard Oil zu vertreten („um das Image der Familie aufzupolieren“), nachdem diese den als „Ludlow-Massaker“ bekannten Kohlenbergbaustreik in Colorado blutig unterdrückt hatten. Lee warnte davor, dass die Rockefellers die Unterstützung der Öffentlichkeit verlieren würden, weil sie das Massaker an streikenden Arbeitern und ihren Familien (sowie den Brand ihrer Häuser) angeordnet hatten. Er entwickelte eine Strategie, die Junior verfolgte, um dies wieder auszugleichen. Junior musste seine Schüchternheit überwinden und persönlich nach Colorado reisen, um sich mit den Bergarbeitern und ihren Familien zu treffen, die Zustände in den Häusern und Fabriken zu inspizieren, an sozialen Veranstaltungen teilzunehmen und sich die Beschwerden anzuhören (und sich dabei für die Presse fotografieren zu lassen). Dies war ein neuartiger Ratschlag, der die Aufmerksamkeit der Medien auf sich zog und es ermöglichte, den Konflikt zu übertünchen und eine menschlichere Version der wohlhabenden Rockefellers zu präsentieren.

Lee leitete die Öffentlichkeitsarbeit der Rockefellers und ihrer Unternehmensinteressen, einschließlich einer starken Beteiligung am Bau des Rockefeller Centers, selbst nachdem er seine eigene Beratungsfirma gegründet hatte. Er war es, der Junior auf den ursprünglichen, nicht finanzierten Plan für die Erweiterung der Metropolitan Opera aufmerksam machte und ihn davon überzeugte, das Center gegen den Willen der Familie nach ihr zu benennen.

Lee wurde Gründungsmitglied des Council on Foreign Relations in den USA, als dieser 1921 in New York gegründet wurde. In den frühen 1920er Jahren setzte er sich für freundschaftliche Beziehungen zu Sowjetrussland ein. 1926 schrieb Lee einen berühmten Brief an den Präsidenten der US-Handelskammer, in dem er ein überzeugendes Argument für die Notwendigkeit einer Normalisierung der politischen und wirtschaftlichen Beziehungen zwischen den USA und der Sowjetunion vorbrachte.

Seine angebliche Anweisung an den Sohn des Standard-Öl-Vermögens sollte fortan in der Öffentlichkeitsarbeit nachhallen: „Sag die Wahrheit, denn früher oder später wird die Öffentlichkeit es sowieso herausfinden. Und wenn der Öffentlichkeit nicht gefällt, was du tust, dann ändere deine Politik und bringe sie in Einklang mit dem, was die Menschen wollen.“ Der Kontext des Zitats soll apokryph sein und wurde von Lee als Eigenwerbung verbreitet, was es sowohl berühmt als auch berüchtigt machte.

Lee gilt als Vater der modernen PR-Kampagne, als er von 1913 bis 1914 erfolgreich Lobbyarbeit für eine Erhöhung der Eisenbahntarife bei einer widerstrebenden Bundesregierung betrieb.

Lee vertrat eine Philosophie, die mit dem manchmal als „zweiseitiger Ansatz“ bezeichneten Konzept der Öffentlichkeitsarbeit übereinstimmt, wonach PR darin besteht, Kunden dabei zu helfen, sowohl zuzuhören als auch Botschaften an ihre Öffentlichkeit zu übermitteln. In der Praxis jedoch betrieb Lee oft einseitige Propaganda für seine von der Öffentlichkeit verachteten Kunden. Kurz vor seinem Tod im Jahr 1934 untersuchte der US-Kongress seine Arbeit in Nazi-Deutschland im Auftrag der IG Farben.

Lee arbeitete auch für die Bethlehem Steel Corporation, in der er Managern den berühmten Rat gab, jeden Tag ihre obersten Prioritäten aufzulisten und zu nummerieren und Aufgaben in der Reihenfolge ihrer Wichtigkeit zu bearbeiten, bis die Tageszeit es zulässt, und nicht weiterzumachen, bis eine Aufgabe abgeschlossen ist. Für diesen Vorschlag zahlte ihm Firmenchef Charles M. Schwab später 25.000 Dollar (umgerechnet 400.000 Dollar im Jahr 2016) und sagte, dies sei der profitabelste Rat gewesen, den er je erhalten habe. Im Laufe seiner Karriere war er auch PR-Berater von George Westinghouse, Charles Lindbergh, John W. Davis, Otto Kahn und Walter Chrysler.