Die Immunphänotypisierung ist eine Technik zur Untersuchung der von Zellen exprimierten Proteine. Diese Technik wird häufig in der Grundlagenforschung und Labordiagnostik eingesetzt. Sie kann an Gewebeschnitten (frisches oder fixiertes Gewebe), Zellsuspensionen usw. durchgeführt werden. Ein Beispiel ist der Nachweis von Tumormarkern, wie bei der Diagnose von Leukämie. Dabei werden die weißen Blutkörperchen mit Antikörpern markiert, die gegen Oberflächenproteine auf ihrer Membran gerichtet sind. Durch die Wahl geeigneter Antikörper kann die Differenzierung der leukämischen Zellen genau bestimmt werden. Die markierten Zellen werden in einem Durchflusszytometer verarbeitet, einem laserbasierten Gerät, das Tausende von Zellen pro Sekunde analysieren kann. Das gesamte Verfahren kann an Zellen aus dem Blut, dem Knochenmark oder der Rückenmarksflüssigkeit innerhalb weniger Stunden durchgeführt werden.

Ein Beispiel für Informationen, die durch Immunphänotypisierung bereitgestellt werden: „Der Bericht über die durchflusszytometrische Immunphänotypisierung zeigte, dass die malignen Zellen positiv für CD19, CD10, dimCD20, CD45, HLA-DR und die leichte Kette des λ-Immunglobulins waren. Es gab keine Koexpression von CD5 oder CD23 durch die monoklonale B-Zellenpopulation.“

Die Immunphänotypisierung ist ein sehr verbreiteter durchflusszytometrischer Test, bei dem mit Fluorophoren konjugierte Antikörper als Sonden zur Färbung von Zielzellen mit hoher Avidität und Affinität verwendet werden. Diese Technik ermöglicht eine schnelle und einfache Phänotypisierung jeder Zelllinie in einer heterogenen Probe anhand der Anwesenheit oder Abwesenheit einer Proteinkombination. Dadurch wird die Sichtbarkeit in komplexen Proben erhöht.