Die Immunozytochemie unterscheidet sich von der Immunhistochemie dadurch, dass erstere an Proben intakter Zellen durchgeführt wird, von denen der größte Teil, wenn nicht sogar die gesamte sie umgebende extrazelluläre Matrix entfernt worden ist. Dazu gehören einzelne Zellen, die aus einem Block festen Gewebes isoliert wurden, Zellen, die in einer Kultur gezüchtet wurden, Zellen, die aus einer Suspension entnommen wurden, oder Zellen, die einem Abstrich entnommen wurden. Im Gegensatz dazu sind immunhistochemische Proben Schnitte von biologischem Gewebe, bei denen jede Zelle von der Gewebestruktur und anderen Zellen umgeben ist, die normalerweise im intakten Gewebe zu finden sind. Er ist ein wertvolles Instrument zur Bestimmung des Zellinhalts von einzelnen Zellen. Zu den Proben, die analysiert werden können, gehören Blutausstriche, Aspirate, Abstriche, kultivierte Zellen und Zellsuspensionen.
Es gibt viele Möglichkeiten, Zellproben für die immunzytochemische Analyse vorzubereiten. Jede Methode hat ihre eigenen Stärken und einzigartigen Merkmale, so dass die richtige Methode für die gewünschte Probe und das gewünschte Ergebnis gewählt werden kann.
Zu färbende Zellen können auf einem festen Träger befestigt werden, um eine einfache Handhabung in nachfolgenden Verfahren zu ermöglichen. Dies kann durch verschiedene Methoden erreicht werden: Adhärente Zellen können auf Objektträgern, Deckgläsern oder einem optisch geeigneten Kunststoffträger gezüchtet werden. Suspensionszellen können auf Objektträger zentrifugiert (Cytospin), mit Hilfe chemischer Linker an einen festen Träger gebunden oder in einigen Fällen in Suspension gehandhabt werden.
Konzentrierte Zellsuspensionen, die in einem Medium mit geringer Viskosität vorliegen, eignen sich gut für Ausstrichpräparate. Verdünnte Zellsuspensionen, die in einem verdünnten Medium vorliegen, eignen sich am besten für die Herstellung von Zytospins durch Zytozentrifugation. Zellsuspensionen, die in einem Medium mit hoher Viskosität vorliegen, eignen sich am besten für die Untersuchung als Abstrichpräparate. Die Konstante bei diesen Präparaten ist, dass die gesamte Zelle auf der Objektträgeroberfläche vorhanden ist. Damit eine interzelluläre Reaktion stattfinden kann, muss das Immunglobulin zunächst die Zellmembran durchqueren, die bei diesen Präparaten intakt ist. Reaktionen, die im Zellkern stattfinden, können schwieriger sein, und die extrazellulären Flüssigkeiten können bei der Durchführung der Immunzytochemie einzigartige Hindernisse darstellen. In diesem Fall müssen die Zellen mit Detergenzien (Triton X-100 oder Tween-20) permeabilisiert oder mit organischen Fixierungsmitteln (Aceton, Methanol oder Ethanol) fixiert werden.
Antikörper sind ein wichtiges Instrument, um sowohl das Vorhandensein als auch die subzelluläre Lokalisierung eines Antigens nachzuweisen. Die Zellfärbung ist ein sehr vielseitiges Verfahren und kann, wenn das Antigen stark lokalisiert ist, bis zu tausend Antigenmoleküle in einer Zelle nachweisen. Unter bestimmten Umständen kann die Zellfärbung auch dazu verwendet werden, die ungefähre Konzentration eines Antigens zu bestimmen, insbesondere mit einem Bildanalysegerät.