HintergrundBearbeiten
Ein wirkliches Verständnis der Zelldifferenzierung im Immunsystem erfordert eine allgemeine Perspektive auf das Transkriptionsprofil jedes Zelltyps des adaptiven und angeborenen Immunsystems und wie sich diese Profile durch Zelldifferenzierung oder Aktivierung durch immunogene oder tolerogene Liganden entwickeln. Das ImmGen-Projekt zielt darauf ab, einen Fahrplan für diese Transkriptionszustände zu erstellen.
Kompendium der GenexpressionEdit
Das erste Ziel von ImmGen ist die Erstellung eines Kompendiums von Ganzgenom-Transkriptionsprofilen (zunächst durch Microarray, jetzt hauptsächlich durch RNA-Sequenzierung) für fast alle charakterisierten Zellpopulationen des adaptiven und angeborenen Immunsystems der Maus in den wichtigsten Phasen der Differenzierung und Aktivierung. Dieses Projekt wird von einer Gruppe von zusammenarbeitenden Immunologie-Forschungslabors in den USA durchgeführt. Jedes der Labors verfügt über eine einzigartige Expertise in einer bestimmten Zelllinie, und alle verwenden standardisierte Verfahren zur Zellsortierung. Das Kompendium der Microarray-Daten umfasst derzeit über 250 immunologisch relevante Zelltypen aus allen lymphoiden Organen und anderen Geweben, die von Immunzellen überwacht werden.
VeröffentlichungenBearbeiten
Im Zuge der Erstellung des Kompendiums wurde eine Reihe von ImmGen-Berichten veröffentlicht. In einigen stammbaumspezifischen Berichten wurden hämatopoetische Stammzellen, natürliche Killerzellen, neutrophile Zellen, B- und T-Zellen, natürliche Killerzellen, Makrophagen, dendritische Zellen, Alpha-Beta-T-Zellen, Gamma-Delta-T-Zellen, aktivierte CD8-T-Zellen, angeborene lymphatische Zellen und Lymphknotenstromazellen beschrieben.Obwohl die meisten Transkriptionsprofile an B6-Mäusen erstellt wurden, wurden auch die Auswirkungen genetischer Variationen untersucht.Die zweite Phase von ImmGen begann mit der Erstellung von Profilen aktivierter Immunzellen. Die Interferon-Antwort wurde als Testfall verwendet.
Bioinformatisches Modell des GenregulationsnetzwerksEdit
Mehrere Gruppen von zusammenarbeitenden Computerbiologen (Regev & Koller) nutzten die Daten, um das genetische Regulationsnetzwerk in Immunzellen zurückzuentwickeln und es mit dem menschlichen Immunsystem zu vergleichen Eine erste Untersuchung des unterschiedlichen Spleißens in den verschiedenen Immunlinien wurde mit Hilfe von Microarrays und RNA-Sequenzierung durchgeführt.
Visuelle Darstellung der DatenBearbeiten
Die Projektteilnehmer vom Fachbereich Informatik der Brown University erforschen außerdem neue Darstellungsformen für die ImmGen-Daten und entwickeln und pflegen die öffentliche Darstellung.
MembersEdit
Zu den teilnehmenden Immunologie-Labors gehören Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (aktivierte CD8 T-Zellen, UCSD, San Diego), Kang (gamma delta T-Zellen, U. Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, San Francisco), Mathis/Benoist (Alpha-Beta-T-Zellen, HMS, Boston), Merad und Randolph (Monozyten & Makrophagen, Mount Sinai, New York und Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston), und Wagers (HSC, Joslin, Boston) Labors.
Tragischerweise ist Richard (Randy) Hardy (Fox Chase, Philadelphia), der seit der Gründung von ImmGen Mitglied war, im Juni 2016 verstorben.
Aktueller StandBearbeiten
Seit August 2016 hat Immgen mit Hilfe von Microarrays Profile von mehr als 250 naiven Zellpopulationen in der Maus und mit Hilfe von RNA-Sequenzierung von mehreren Dutzend aktivierten Zelltypen erstellt.