Joly verließ Vivendi im Jahr 2004, um Präsident und Vorstandsvorsitzender von CWT zu werden. Im Januar 2008 wurde Joly zum Präsidenten und CEO von Carlson Companies ernannt, einem amerikanischen internationalen Mischkonzern in Privatbesitz, der in der Hotel-, Reise- und Restaurantbranche tätig ist und mehr als 175.000 Mitarbeiter in mehr als 160 Ländern und Gebieten beschäftigt. Er übernahm die Position im März 2008 als Nachfolger von Marilyn Carlson Nelson, der Tochter des Firmengründers Curt Carlson. Unter seiner Führung steigerte CWT seinen Jahresumsatz von 8,9 Milliarden US-Dollar im Jahr 2003 auf 25,5 Milliarden US-Dollar im Jahr 2007.
Am 17. August 2012 trat Joly von seiner Position bei Carlson zurück, um den Posten des CEO bei Best Buy zu übernehmen. Unter Joly und seiner „Renew Blue“-Transformation bei Best Buy verdreifachte sich der Aktienkurs des Unternehmens im Jahr 2013, wobei der Schwerpunkt auf großen Ladengeschäften, hervorragendem Kundenservice, Produktauswahl und Dienstleistungen wie dem Geek Squad lag. Laut der New York Times ist Jolys oberstes Ziel, den niedrigsten Preis zu erzielen, um sicherzustellen, dass ein Kunde, der Best Buy als Ausstellungsraum besucht hat, keinen Grund hat, woanders zu kaufen. „Die Strategie ist sehr einfach“, sagte er der New York Times im Jahr 2012, kurz nachdem er den Job übernommen hatte. „Wir glauben, dass die Preiskonkurrenz ein Spielball ist. Die Art und Weise, wie wir gewinnen wollen, dreht sich um Beratung, Bequemlichkeit und Service.“
Am 20. Januar 2017 berichtete die brasilianische Zeitung Valor Economico, dass Joly für den CEO-Posten bei Carrefour in Betracht gezogen werde. Joly gab eine Erklärung ab: „Es gab Berichte, dass ich für einen CEO-Posten in einem anderen Unternehmen in Betracht gezogen werde. Ich möchte klarstellen, dass ich mich voll und ganz für die weitere Transformation von Best Buy engagiere und absolut keine Pläne habe, das Unternehmen zu verlassen.“
Joly trat im Juni 2019 als CEO von Best Buy zurück, um Executive Chairman des Unternehmens zu werden. Im Juni 2020 trat Joly als Executive Chairman zurück und begann eine Lehrtätigkeit an der Harvard Business School als Senior Lecturer of Business Administration. Er bleibt Berater des CEO und des Verwaltungsrats von Best Buy.
Joly ist Autor des in Kürze erscheinenden Buches The Heart of Business, das am 4. Mai 2021 von Harvard Business Review Press veröffentlicht wird.