Stoßzähne und Zähne
Als Gruppe hatten Gomphotheres höherkronige Zähne (d.h. längere Zähne, die weit unter den Zahnfleischrand ragten) als ihre Vorgänger aus dem Paläozän und Eozän. Diese Zähne, die beim Kauen ständig abgeschliffen wurden, ermöglichten es dem Tier, eine grobe, abrasive Pflanzennahrung zu verzehren. Die in Sümpfen lebenden Gomphotheren, wie Amebelodon und Platybelodon, hatten schaufelartige Stoßzähne, die aus einem vorstehenden Unterkiefer und einem Satz kurzer Oberkieferzähne herausragten. Diese abgeflachten Zähne dienten offenbar dazu, weiche Wasservegetation zu schaufeln und Wurzeln auszugraben. Die in einer Studie beobachteten Abnutzungsmuster an den Stoßzähnen deuten jedoch darauf hin, dass zumindest einige Mitglieder von Platybelodon Baumrinde und Blätter in terrestrischen Lebensräumen fraßen. Diese Tiere werden manchmal auch als „Schaufelhauer“ bezeichnet. Andere Gomphotheren, wie Gnathabelodon, hatten ähnliche ökologische Spezialisierungen, aber anstelle von unteren Stoßzähnen war der Rand des Unterkiefers verlängert und bildete eine Schaufel.
Man nimmt an, dass die Kiefer der Gomphotheren denen der modernen Elefanten insofern ähnelten, als sie zu klein waren, um ihre massiven Backenzähne unterzubringen. Infolgedessen entwickelten die Gomphotheren ein „Fließband“-System des Zahnwechsels, bei dem kleine Zähne, die sich früh im Leben bildeten, von hinten durch größere Zähne ersetzt wurden. Die Backenzähne bestanden aus plattenartigen Abschnitten aus Zahnschmelz, Dentin und Zement, die von vorne nach hinten gestapelt waren. Die Platten bildeten eine Reihe von Graten, die sich von der Zunge bis zur Wange über jeden Zahn zogen, wie bei modernen Elefanten. Die Platten der Gomphotheres waren jedoch weniger zahlreich als die der lebenden Elefanten und wiesen eher abgerundete Höcker auf als die gleichmäßigen Grate der modernen Elefanten. Die Gomphotheren werden anhand der Struktur ihrer Backenzähne in zwei informelle Gruppen unterteilt. Die trilophodonten Gomphotheren hatten drei Platten in den Backenzähnen und die tetralophodonten besaßen eine zusätzliche Platte, insgesamt also vier. Die letztgenannte Gruppe war wahrscheinlich enger mit den echten Elefanten verwandt.
Viele Gomphotheren kauten, indem sie ihre Kiefer von einer Seite zur anderen bewegten, was es den Tieren ermöglichte, Vegetation zwischen den Höckerplatten zu zermahlen. Obwohl die meisten Gomphotheren wahrscheinlich eine gemischte Nahrung aus vielen verschiedenen Pflanzenarten zu sich nahmen, waren ihre Plattenzähne möglicherweise speziell an die Ernährung mit Gräsern angepasst, die in den Ökosystemen der Welt während des Miozäns (vor 23 Millionen bis 5,3 Millionen Jahren) weit verbreitet waren.