Abgesehen von einigen der ursprünglich untersuchten Enzyme wie Pepsin, Renin und Trypsin enden die meisten Enzymnamen auf „ase“. Die International Union of Biochemistry (I.U.B.) hat Standards für die Nomenklatur von Enzymen eingeführt, die empfehlen, dass Enzymnamen sowohl das Substrat, auf das eingewirkt wird, als auch die Art der katalysierten Reaktion angeben. Nach diesem System wird das Enzym Uricase als Urat: O2-Oxidoreduktase, während das Enzym Glutamat-Oxalessig-Transaminase (GOT) L-Aspartat: 2-Oxoglutarat-Aminotransferase genannt wird.

Enzyme können nach der Art der katalysierten chemischen Reaktion klassifiziert werden.

1. Zugabe oder Entzug von Wasser
   1. Hydrolasen – dazu gehören Esterasen, Carbohydrasen, Nukleasen, Deaminasen, Amidasen und Proteasen
   2. Hydrasen wie Fumarase, Enolase, Aconitase und Kohlensäureanhydrase
2. Übertragung von Elektronen
   1. Oxidasen
   2. Dehydrogenasen
3. Übertragung eines Radikals
   1. Transglycosidasen – von Monosacchariden
   2. Transphosphorylasen und Phosphomutasen – von einer Phosphatgruppe
   3. Transaminasen – von einer Aminogruppe
   4. Transmethylasen – einer Methylgruppe
   5. Transacetylasen – einer Acetylgruppe
4. Spaltung oder Bildung einer C-C-Bindung
   1. Desmolasen
5. Veränderung der Geometrie oder Struktur eines Moleküls
   1. Isomerasen
6. Verbindung zweier Moleküle durch Hydrolyse der Pyrophosphatbindung in ATP oder einem anderen Triphosphat
   1. Ligasen