Die Ostsee, eines der größten Brackwassergebiete der Welt, kann als ein junges, kaltes Meer mit einem verarmten Ökosystem aufgrund von Salzstress charakterisiert werden. Die heutige Ostsee entstand erst vor 2000 bis 2500 Jahren, als der dänische Sund enger und flacher wurde. Der Zufluss von Süßwasser aus den umliegenden Landgebieten führte dazu, dass die Ostsee allmählich ihren brackigen Charakter erhielt. Heute erstreckt sich die Ostsee über eine Fläche von etwa 366 000 km2 und besteht aus einer Reihe von Becken, die durch seichtere Gebiete getrennt und mit etwa 22 000 km3 Brackwasser gefüllt sind. Diese Becken sind, von Norden nach Süden, der Bottnische Meerbusen, der Finnische Meerbusen, die Gotlandsee und die Bornholmsee. Das Klimagefälle reicht von fast arktischen Bedingungen im äußersten Norden bis zu einem eher maritimen Klima in den südlichen Teilen. Das Salzwasser der Nordsee ist über das flache Kattegat und die Schwellen im dänischen Sund mit der Ostsee verbunden. Der Zufluss von Salzwasser erfolgt auf zwei verschiedene Arten, nämlich als kontinuierliche Strömung entlang des Meeresbodens aufgrund des Salzgehaltsgradienten und als Salzwasserimpulse, die durch die Luftdruckverteilung und die Windrichtung erzeugt werden. Der Süßwasserzufluss (500 km3), vor allem aus den großen Flüssen, entspricht in etwa dem Nettoabfluss und verstärkt die südwärts gerichtete Strömung entlang der schwedischen Küste, die auch den Salzwasserzufluss kompensiert. In der südlichen Ostsee sind Gezeitenbewegungen zu beobachten, die jedoch für das System von geringer Bedeutung sind. Die Verweilzeit der gesamten Wassermasse beträgt 25 Jahre, und die hydrographischen Bedingungen in den verschiedenen Becken sind stabil und werden von einer permanenten Halokline und einer sich im Frühjahr bildenden Thermokline beherrscht. Der Salzgehalt reicht von etwa 1-2 Promille im innersten Teil des Bottnischen Meerbusens bis zu 10-15 Promille in der Bornholmsee. Zumindest in den nördlichen Teilen des Meeres findet im Winter eine vollständige vertikale Durchmischung statt. Aufgrund des Klimagefälles variiert die Eisbedeckung von etwa vier Monaten totaler Eisbedeckung in den inneren Teilen des Bottnischen Meerbusens bis zu einem Monat oder weniger Küsteneis im südlichen Teil der Ostsee. Der saisonale Effekt ist also in den nördlichen Teilen stärker ausgeprägt.
Die lebenden Systeme der Ostsee sind auf diese unterschiedlichen Bedingungen reduziert und angepasst. Vergleicht man die tieferen Weichböden des Bottnischen Meerbusens mit dem Rest der Ostsee, so zeigt sich folgendes Muster. Die pelagische Primärproduktivität nimmt von Norden nach Süden um den Faktor 6 zu. In den südlichen Teilen des Meeres ist eine ausgeprägte Frühjahrsspitze zu verzeichnen, während im Norden die Frühjahrsentwicklung verzögert oder durch ein Sommermaximum ersetzt wird. Der Gesamtanstieg der Makrofauna-Biomasse ist auffallend, von etwa 1 g.m-2 (Gewicht) im Norden auf 100 g.m-2 (Gewicht) oder mehr im Süden. Die Biomassen der Meiofauna und des Zooplanktons weisen eine geringere Variabilität auf. Die Meiofauna nimmt um den Faktor 2-4 zu, so dass die Biomasse im nördlichsten Teil etwa doppelt so groß ist wie die der Makrofauna. Der extrem niedrige Salzgehalt in diesem Gebiet führt zum Ausschluss von Muscheln (Filtrierer) aus der Fauna. Die verfügbaren Daten, die mit der hohen Stoffwechselrate der Meiofauna zusammengeführt werden, folgen in etwa den Veränderungen der Primärproduktivität innerhalb der Ostsee. Das sich ändernde Verhältnis von Makro- zu Meiofauna sowie Ergebnisse intensiver Untersuchungen des makrobenthischen Amphipoden Pontoporeia affinis (Lindström) legen nahe, dass die Makrofauna hauptsächlich durch Nahrungslimitierung reguliert wird und dass das benthische und das pelagische System eng miteinander gekoppelt sind.