Im März 1946 fanden die ersten Wahlen seit den schicksalhaften Wahlen von 1936 statt. Sie waren fehlerhaft und führten bei Enthaltung der extremen Linken zu einem überwältigenden Sieg der royalistischen Rechten. Im September sprach sich eine Volksabstimmung für die Rückkehr von König Georg II. aus; er starb innerhalb von sechs Monaten und sein Bruder Paul wurde sein Nachfolger. Vor diesem Hintergrund bewegte sich das Land auf einen Bürgerkrieg zu, da die extreme Linke unentschlossen war, ob sie innerhalb des politischen Systems arbeiten oder einen bewaffneten Versuch unternehmen sollte, die Macht zu übernehmen.
Der Wendepunkt kam mit der Gründung einer kommunistisch kontrollierten Demokratischen Armee im Oktober 1946, und im folgenden Jahr setzten die Kommunisten eine provisorische demokratische Regierung ein. Obwohl die Kommunisten zahlenmäßig stark unterlegen waren, konnten sie – dank der logistischen Unterstützung durch die neu errichteten kommunistischen Regime im Norden und des geschickten Einsatzes von Guerillataktiken – ein großes Gebiet in Nordgriechenland über einen längeren Zeitraum kontrollieren. Nach der Verabschiedung der Truman-Doktrin im März 1947, die den „freien Völkern“ Unterstützung im Kampf gegen die interne Subversion zusicherte, begann sich das Blatt allmählich zu wenden. Die Vereinigten Staaten, die nun die Rolle Großbritanniens als wichtigster außenpolitischer Schirmherr Griechenlands übernahmen, stellten bald militärische Ausrüstung und Beratung zur Verfügung. Die amerikanische Intervention und die Folgen des Bruchs zwischen Josip Broz Tito (unter dessen Führung sich der jugoslawische Staat schließlich vereinigen sollte) und Stalin trugen zusammen mit der Fraktionsbildung und der veränderten Militärtaktik der Linken zur Niederlage der kommunistischen Guerilla im Sommer 1949 bei.
Griechenland verließ die mühsamen 1940er Jahre in einem Zustand der Verwüstung. Das politische Regime nach dem Bürgerkrieg war ausgesprochen autoritär, und ab Mitte der 1950er Jahre durchlief Griechenland einen raschen, aber ungleichmäßig verteilten Prozess der wirtschaftlichen und sozialen Entwicklung, der den Lebensstandard seiner kommunistischen Nachbarn im Norden weit übertraf. Die Bevölkerung des Großraums Athen hat sich zwischen 1951 und 1981 mehr als verdoppelt, und Anfang der 1990er Jahre lebte etwa ein Drittel der Gesamtbevölkerung im Gebiet der Hauptstadt. Doch während die Verstädterung schnell voranschritt und der Lebensstandard rapide anstieg, konnten die politischen Institutionen des Landes mit dem raschen Wandel nicht Schritt halten. Die Rechte hatte die Macht während des größten Teils des Zeitraums von 1952 bis 1963 fest im Griff und war nicht allzu vorsichtig mit den Mitteln, die sie einsetzte, um sie zu erhalten.
Anfang der 1960er Jahre waren die Wähler – zu denen nun auch Frauen gehörten – jedoch zunehmend desillusioniert von dem repressiven Erbe des Bürgerkriegs und strebten nach Veränderungen. Georgios Papandreou, dessen Partei der Zentrumsunion 1964 einen überwältigenden Wahlsieg errang, reagierte als Premierminister auf dieses Bedürfnis, doch das Versprechen von Reformen und Modernisierung wurde mit der erneuten Krise in Zypern über Bord geworfen, und Gruppen innerhalb der Armee verschworen sich, um die demokratischen Institutionen des Landes zu untergraben. Eine Guerillakampagne auf Zypern, die seit Mitte der 1950er Jahre von dem griechisch-zypriotischen General Georgios Grivas mit Zähigkeit und Rücksichtslosigkeit geführt wurde, hatte 1960 dazu geführt, dass die Briten nicht die von der überwältigenden griechisch-zypriotischen Mehrheit auf der Insel angestrebte Vereinigung mit dem griechischen Staat, sondern die Unabhängigkeit zugestanden. Doch innerhalb von drei Jahren brachen die ausgeklügelten Vereinbarungen über die Teilung der Macht zwischen der griechischen Mehrheit und der türkischen Minderheit auf der Insel zusammen.
Während und nach dem Bürgerkrieg sahen sich die griechischen Streitkräfte nicht nur als Wächter des Landes gegen ausländische Aggressionen, sondern auch als Verteidiger gegen interne Subversion. Sie betrachteten Georgios Papandreou zunehmend als Strohmann für seinen viel radikaleren, in Amerika ausgebildeten Sohn Andreas Papandreou, der nach Griechenland zurückgekehrt und in die Regierung seines Vaters eingetreten war.
Im April 1967 starteten Offiziere der mittleren Führungsebene unter der Führung von Oberst Georgios Papadopoulos einen Staatsstreich, um einen erwarteten Sieg der Zentrumsunion bei den für Mai desselben Jahres geplanten Wahlen zu verhindern. Die Verschwörer nutzten eine lang anhaltende politische Krise aus, die ihren Ursprung in einem Streit zwischen dem jungen König Konstantin II., der 1964 seinem Vater König Paul auf den Thron gefolgt war, und seinem Premierminister Georgios Papandreou hatte. Die „Obersten“, wie die Militärjunta genannt wurde, regierten das Land von 1967 bis 1974 abwechselnd mit harter Hand und absurder Politik. Nach einem gescheiterten Gegenputsch im Dezember 1967 ging König Konstantin ins Exil, und Papadopoulos übernahm die Rolle des Regenten. 1973 wurde die Monarchie abgeschafft, und Griechenland wurde zur Republik erklärt. Im selben Jahr wurde Papadopoulos nach gewaltsam niedergeschlagenen Studentenprotesten selbst von der Junta gestürzt und durch den noch repressiveren General Demetrios Ioannidis, den Chef der gefürchteten Militärpolizei, ersetzt.
Im Juli 1974 startete Ioannidis, der einen nationalistischen Triumph anstrebte, im Zuge eines zunehmend erbitterten Streits zwischen Griechenland und der Türkei über die Ölrechte in der Ägäis einen Staatsstreich zur Absetzung von Makarios III, dem Erzbischof und Präsidenten Zyperns seit 1960. Makarios überlebte, aber der Putsch löste die Invasion des Nordteils der Insel durch die Türkei aus, die zusammen mit Großbritannien und Griechenland ein Garant für die verfassungsmäßige Regelung von 1960 war. Die türkische Armee besetzte fast zwei Fünftel der Landfläche der Insel, obwohl die türkische Bevölkerung weniger als ein Fünftel der Gesamtbevölkerung ausmachte. Ioannidis reagierte auf die türkische Invasion mit der Mobilisierung für einen Krieg mit der Türkei. Die Mobilisierung erwies sich jedoch als chaotisch, und das Regime, das innenpolitisch äußerst unpopulär und diplomatisch völlig isoliert war, brach zusammen.