City of Boerne v. Flores, Fall, in dem der Oberste Gerichtshof der USA am 25. Juni 1997 mit 6:3 Stimmen entschied, dass der Religious Freedom Restoration Act (RFRA) von 1993 die Befugnisse des Kongresses überschreitet. Nach Ansicht des Gerichts ist das Gesetz zwar verfassungsgemäß, wenn es sich um Maßnahmen auf Bundesebene handelt, kann aber nicht auf die Bundesstaaten angewandt werden.

In Boerne, Texas, war die örtliche katholische Kirche, ein traditionelles Gebäude im Lehmziegelstil, für die Gemeinde zu klein geworden, und 1993 beantragte Patrick F. Flores, der Erzbischof von San Antonio, eine Genehmigung für die Erweiterung der Kirche. Der Stadtrat verweigerte die Genehmigung unter Berufung auf eine Verordnung zur Erhaltung des historischen Viertels. Flores reichte Klage ein und behauptete, die Verweigerung der Genehmigung verstoße gegen das RFRA, das besagt, dass „die Regierung die Religionsausübung einer Person nicht wesentlich belasten darf, selbst wenn die Belastung aus einer allgemein gültigen Vorschrift resultiert“. Das Gesetz galt für die Bundes- und die Landesregierung.

Das RFRA kam drei Jahre nach dem Urteil des Obersten Gerichtshofs in der Rechtssache Employment Division, Department of Human Resources of Oregon v. Smith (1990), in der ein Staat Mitgliedern der Native American Church, die entlassen worden waren, weil sie Peyote zu sakramentalen Zwecken eingenommen hatten, Arbeitslosenunterstützung verweigern konnte; das Gericht erläuterte, dass Gesetze, die in Bezug auf die Religion offiziell neutral sind, von der Regierung angewandt werden können. Als Reaktion darauf verabschiedete der Kongress das RFRA-Gesetz, das es den Regierungen erschwerte, die Religionsfreiheit außer Kraft zu setzen. Bei der Ausweitung des Gesetzes auf die Regierungen der Bundesstaaten stützte sich der Kongress auf Abschnitt 5 des Vierzehnten Verfassungszusatzes, der ihm die Befugnis gab, die Bestimmungen dieses Zusatzes durchzusetzen; der Vierzehnte Verfassungszusatz verlangt ein ordnungsgemäßes Verfahren, bevor jemandem das Leben, die Freiheit oder das Eigentum entzogen wird, sowie gleichen Schutz durch das Gesetz.

In Flores entschied ein Bundesbezirksgericht zugunsten von Boerne und erklärte das RFRA für verfassungswidrig. Das Fifth Circuit Court of Appeals hob das Urteil jedoch auf und erklärte das Gesetz für verfassungsgemäß.

Der Fall wurde am 19. Februar 1997 vor dem Obersten Gerichtshof verhandelt. Er entschied, dass der Kongress nicht über einen uneingeschränkten Ermessensspielraum zum Erlass von Gesetzen gemäß Abschnitt 5 des Vierzehnten Verfassungszusatzes verfügt. Der Kongreß sei lediglich befugt, die Bestimmungen durchzusetzen, dürfe aber das Recht, das er durchsetze, nicht ändern. Tatsächlich hat der Kongress die Befugnis, Abhilfemaßnahmen zu ergreifen, um Missbräuche im Rahmen des vierzehnten Verfassungszusatzes zu verhindern. Zur Veranschaulichung dieses Punktes führte das Gericht den Voting Rights Act von 1965 an. Das Gericht hatte dieses Gesetz in verschiedenen Fällen bestätigt und festgestellt, dass der Kongress das Recht hat, strenge „Abhilfe- und Präventivmaßnahmen“ zu erlassen, um „weit verbreitete und anhaltende Rassendiskriminierung“ in den Vereinigten Staaten zu korrigieren. Im Falle des RFRA stellte das Gericht jedoch fest, dass die Gesetzgebungsgeschichte des Gesetzes keine Beispiele für allgemein anwendbare Gesetze enthält, die aufgrund religiöser Fanatismus in den letzten 40 Jahren erlassen wurden. Darüber hinaus befand das Gericht, dass das Gesetz „in einem derartigen Missverhältnis zu einem vermeintlichen Abhilfe- oder Präventionsziel steht, dass es nicht als Reaktion auf verfassungswidriges Verhalten oder als dessen Verhinderung verstanden werden kann.“

Darüber hinaus befand das Gericht, dass das RFRA zu weit gefasst sei und zu Eingriffen auf jeder Ebene der Regierung führen würde. Das Gericht fragte sich, wie es feststellen sollte, ob eine staatliche Maßnahme die Religionsfreiheit einer Person wesentlich beeinträchtigt. Das Gericht kam zu dem Schluss, dass das RFRA „einen erheblichen Eingriff des Kongresses in die traditionellen Vorrechte und allgemeinen Befugnisse der Bundesstaaten“ darstellt und daher verfassungswidrig ist, wenn es auf die Bundesstaaten angewendet wird. Die Entscheidung des Fünften Gerichtsbezirks wurde aufgehoben.