Andres Bonifacio wurde am 30. November 1863 in Tondo, Manila, geboren. Er wuchs in den Slums auf und kannte aus praktischer Erfahrung die tatsächlichen Bedingungen des Klassenkampfes in seiner Gesellschaft. Früh verwaist, unterbrach er seine Grundschulausbildung, um seinen Lebensunterhalt als Handwerker und später als Botenschreiber und Vertreter ausländischer Handelsfirmen in Manila zu verdienen. Durch die Lehren des klassischen Rationalismus, die er aus den Werken von José Rizal, Victor Hugos Les Miserables, Eugène Sues The Wandering Jew, Büchern über die Französische Revolution und den Lebensläufen der Präsidenten der Vereinigten Staaten aufnahm, erwarb Bonifacio ein Verständnis für die Dynamik des soziohistorischen Prozesses. Dies veranlasste ihn, der Liga Filipina beizutreten, die Rizal 1892 mit dem Ziel gegründet hatte, die nationalistische Reformbewegung zu vereinen und zu intensivieren.
Als die Liga nach der Verhaftung und Verbannung Rizals aufgelöst wurde, gründete Bonifacio 1892 die Katipunan und bildete damit den Sammelpunkt für den Kampf des Volkes für Freiheit, Unabhängigkeit und Gleichheit. Die Katipunan orientierte sich bei ihren Initiationsriten an der Freimaurerei, doch ihre ideologischen Grundsätze stammten aus der Französischen Revolution und können in ihrer materialistisch-historischen Ausrichtung als radikal bezeichnet werden. Die Katipunan verherrlichte die Arbeit als die Quelle allen Wertes. Sie lenkte die Aufmerksamkeit auf die ungerechte Klassenstruktur des Kolonialsystems, die zunehmende Ausbeutung der einheimischen Bevölkerung und folglich auf die Notwendigkeit, die kollektive Stärke der arbeitenden Massen zu bekräftigen, um das ungerechte System zu zerstören.
Als die Gesellschaft am 19. August 1896 entdeckt wurde, hatte sie etwa 10.000 Mitglieder. Am 23. August versammelten sich Bonifacio und seine Anhänger in Balintawak und beschlossen, den bewaffneten Kampf aufzunehmen. Zwei Tage später fand das erste Scharmützel statt, dem bald eine Schreckensherrschaft der Spanier folgte.
Der Konflikt spaltete die Rebellen in die beiden Gruppen Magdiwang und Magdalo in Cavite auf Luzon. Bonifacio wurde eingeladen, zu vermitteln, wurde aber von der clanartigen Mittelschicht von Cavite abgewiesen. General Emilio Aguinaldo, der gewählte Präsident der provisorischen Revolutionsregierung, beurteilte Bonifacios Pläne als spalterisch und schädlich für die Einheit und ordnete die Verhaftung, den Prozess und die Hinrichtung von Bonifacio und seinen Brüdern wegen „Hochverrats und Aufruhrs“ an. Am 10. Mai 1897 wurde Bonifacio hingerichtet.
Entgegen der landläufigen Meinung kann die Ursache für Bonifacios tragischen Tod durch die Hand anderer philippinischer Rebellen nicht allein auf seinen persönlichen Stolz zurückgeführt werden. Vielmehr führten das Zusammenspiel der Klassenkräfte und die abenteuerliche Tendenz von Bonifacios Gruppe zu seiner Isolierung und in der Folge zu Aguinaldos Kompromissen mit den amerikanischen Militärs.