Kejserlig spætte er officielt opført som “kritisk truet (muligvis uddød)” af IUCN og BirdLife International. Den har historisk set ikke været en sjælden art inden for et egnet levested, men den samlede bestand har sandsynligvis aldrig talt mere end 8.000 individer (Lammertink et al. 1996). En eventuel tilbageværende bestand antages at være meget lille (mindre end 50 voksne individer) på grund af manglen på bekræftede registreringer siden 1956; analyser af de tilbageværende levesteder viser, at der ikke er nogen områder tilbage, som er store nok til at kunne bære arten. Den sidste bekræftede registrering var fra Durango i 1956, og arten er nu højst sandsynligt uddød. Hvis den er uddød, skyldes det ødelæggelse og fragmentering af levesteder kombineret med jagt. Disse faktorer er årsagen til, at arten ikke er blevet set i over 60 år, selv om der lokalt er blevet rapporteret om observationer. Forskerne mener, at deres tilbagegang også blev fremskyndet af aktive udryddelseskampagner, der blev gennemført af skovbrugsinteresser, af overdreven jagt – til brug i folkemedicin, og fordi ungerne blev betragtet som en delikatesse af Tarahumara-folket. Den er blevet jaget til sport, mad og til medicinske formål i en lang periode, og fjer og næb blev angiveligt brugt i ritualer af Tepheuana- og Huichol-stammerne i den sydlige del af Durango. Desuden er kejserspætter fantastiske fugle, og da arten blev stadig mere sjælden, blev mange af dem tilsyneladende skudt af folk, der aldrig havde mødt en sådan fugl og ønskede at se den nærmere.
Habitatet, hvor kejserspætten befandt sig, var overvejende i nåleskove (terrænniveau i 2.700-2.900 m. højde). Det område, hvor de levede, var rigeligt med store døde træer, hvilket kunne hænge sammen med deres uddøen. Området var blevet ryddet og fældet flere gange i 2010. Der gøres en stadig større indsats inden for bevaringsbiologien for at analysere risikoen for udryddelse og for at finde frem til de sjældne, længe usete arter. Der er en håndfuld nyere, ubekræftede observationer, hvoraf den seneste fulgte tæt op på offentliggørelsen i 2005 af den påståede genopdagelse af den elfenbensnæbbet spætte. Lammertink et al. (1996) konkluderer efter en omfattende gennemgang af rapporter fra tiden efter 1956, at arten faktisk overlevede ind i 1990’erne i den centrale del af dens udbredelsesområde, men anser også en fortsat overlevelse for meget usandsynlig. Ifølge dem har bestanden altid været begrænset i historisk tid, selv om arten faktisk var til stede i maksimal tæthed før en katastrofal tilbagegang i 1950’erne. Manglen på gode registreringer fra dengang skyldes tilsyneladende mere manglende forskning end en egentlig sjældenhed, men dette synes at have ændret sig radikalt kun et årti senere.
Feltundersøgelser foretaget af Tim Gallagher og Martjan Lammertink, som rapporteres i Gallaghers bog fra 2013, fandt beviser – i form af beretninger fra ældre beboere i fuglens udbredelsesområde, som havde set kejserlige spætter årtier tidligere, og som diskuterede deres erindringer med forskerne – for, at skovfolk, der arbejdede med mexicanske skovningsfirmaer i 1950’erne, fortalte lokalbefolkningen, at spætterne ødelagde værdifuldt tømmer, og opfordrede folk til at dræbe fuglene. Som led i denne kampagne gav skovarbejderne de lokale beboere gift til at smøre på de træer, som fuglene fouragerede på. Da grupper af kejserlige spætter havde en tendens til at æde et enkelt stort, dødt, gammelt fyrretræ i op til to uger, ville det at anvende gift på et sådant træ være en effektiv måde at udrydde en gruppe på op til et dusin af disse enorme spætter på – og måske endda at dræbe efterfølgende grupper af fugle, der måtte flytte ind i området og blive tiltrukket af det samme træ. Gallagher har mistanke om, at en sådan forgiftningskampagne kan være nøglen til artens tilsyneladende katastrofale nedgang i bestanden i 1950’erne, som hidtil har manglet en tilfredsstillende forklaring. En forgiftningskampagne kunne meget vel have dræbt hele grupper af fuglen i løbet af kort tid. Forudsætningen om at beskytte værdifuldt træ mod spætterne var i virkeligheden grundløs. Kejserspætter fouragerer ikke på, eller graver ikke rede- eller rastehuller i levende, sunde træer.
I Gallaghers roman The Grail Bird (2006) diskuterer han, hvor vanskelig eftersøgningen af kejserspætten er på grund af dens farlige placering. I Mexicos Sierra Madre Occidental er der store områder, hvor der dyrkes marihuana og opiumsvalmuer, som patruljeres af bevæbnede vagter. Narkotikakartellerne dræber ofte alle, der kommer for tæt på deres afgrøder.
En søgning i den online eksemplardatabase VertNet, der omfatter flere institutioner, afslører, at der kun findes 144 fysiske eksemplarer af kejserspætte, herunder kun 3 kendte komplette skeletter. Et overset spætterskelet fra Natural History Museum i Tring synes også at tilhøre arten. Arten kendes også fra en enkelt amatørfilm fra 1956, som viser en fugl, der klatrer, søger føde og flyver. Filmen er blevet restaureret og udgivet af Cornell University. Gallaghers inspiration til at lede efter kejserspætten var opdagelsen af denne film fra 1956 af tandlæge William Rhein, som foretog flere rejser til Mexico på jagt efter kejserspætten. Dette er den eneste kendte fotografiske optegnelse af arten.