Med undtagelse af nogle af de oprindeligt undersøgte enzymer, såsom pepsin, rennin og trypsin, ender de fleste enzymnavne på “ase”. Den internationale union for biokemi (I.U.B.) har iværksat standarder for enzymnomenklatur, som anbefaler, at enzymnavne angiver både det substrat, der virker på, og den type reaktion, der katalyseres. I henhold til dette system kaldes enzymet uricase for urat: O2 oxidoreduktase, mens enzymet glutamisk oxaloacetransaminase (GOT) kaldes L-aspartat: 2-oxoglutarat aminotransferase.

Enzymer kan klassificeres efter den type kemisk reaktion, der katalyseres.

1. tilsætning eller fjernelse af vand
   1. Hydrolaser – disse omfatter esteraser, kulhydraser, nucleaser, deaminaser, amidaser og proteaser
   2. Hydraser som fumarase, enolase, aconitase og kulsyreanhydrase
2. Overførsel af elektroner
   1. Oxidaser
   2. Dehydrogenaser
3. Overførsel af et radikal
   1. Transglykosidaser – af monosaccharider
   2. Transfosforylaser og phosphomutaser – af en fosfatgruppe
   3. Transaminaser – af en aminogruppe
   4. Transmethylaser – af en aminogruppe
   5. Transmethylaser af en methylgruppe
   6. Transacetylaser – af en acetylgruppe
4. Spaltning eller dannelse af en C-C-binding
   1. Desmolaser
5. Ændring af et molekyls geometri eller struktur
   1. Isomeraser
6. Sammenføjning af to molekyler gennem hydrolyse af pyrofosfatbindingen i ATP eller andet triphosphat
   1. Ligaser