BaggrundBearbejd
En ægte forståelse af celledifferentiering i immunsystemet vil kræve et generelt perspektiv på den transkriptionelle profil for hver celletype i det adaptive og det medfødte immunsystem, og hvordan disse profiler udvikler sig gennem celledifferentiering eller aktivering af immunogene eller tolerogene ligander. ImmGen-projektet har til formål at udarbejde en køreplan for disse transkriptionelle tilstande.
Kompendium af genekspressionRediger
Det første mål med ImmGen er at generere et kompendium af transkriptionelle profiler for hele genomet (oprindeligt ved hjælp af mikroarray, nu hovedsageligt ved RNA-sekventering) for næsten alle karakteriserede cellepopulationer i det adaptive og det medfødte immunsystem i musen i de vigtigste stadier af differentiering og aktivering. Denne indsats udføres af en gruppe af samarbejdende immunologiske forskningslaboratorier i USA. Hvert af laboratorierne har en unik ekspertise inden for en bestemt cellelinie, og alle anvender standardiserede procedurer for cellesortering. Kompendiet af mikroarray-data omfatter i øjeblikket over 250 immunologisk relevante celletyper fra alle lymfoide organer og andre væv, som overvåges af immunceller.
PublikationerRediger
En række ImmGen-rapporter blev offentliggjort i takt med, at kompendiet blev akkumuleret. Nogle af de lineage-specifikke rapporter beskrev hæmatopoietiske stamceller, naturlige dræberceller, neutrofile, B- og T-celler, naturlige dræberceller, makrofager, dendritiske celler, alfa beta T-celler, gamma delta T-celler, aktiverede CD8 T-celler, medfødte lymfoide celler og lymfeknude stromale celler.Selv om de fleste transkriptionsprofiler blev udført på B6-mus, blev effekten af genetisk variation også undersøgt.Anden fase af ImmGen begyndte profilering af aktiverede immunceller. Interferonresponset blev brugt som testcase.
Bioinformatisk genreguleringsnetværksmodelRediger
Flere grupper af samarbejdende beregningsbiologer (Regev & Koller) brugte dataene til at reverse-engineere det genetiske reguleringsnetværk i immunceller og sammenligne det med det menneskelige immunsystem En indledende undersøgelse af differentiel splejsning på tværs af immunslægter blev udført ved hjælp af både mikroarrays og RNA-sekventering.
Visuel repræsentation af dataRediger
Projektdeltagere fra Brown University’s Computer Sciences Department er også ved at udforske nye repræsentationsformer for ImmGen-dataene og udvikler og kuraterer den offentlige repræsentation.
MedlemmerBearbejd
De deltagende immunologiske laboratorier omfatter Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (Aktiverede CD8 T-celler, UCSD, San Diego), Kang (gamma delta T-celler, UCSD, San Diego), Kang (gamma delta T-celler, U. Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, San Francisco), Mathis/Benoist (alfa-beta-T-celler, HMS, Boston), Merad og Randolph (monocytter & makrofager, Mount Sinai, New York og Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston) og Wagers (HSC, Joslin, Boston) laboratorier.
Tragisk nok gik Richard (Randy) Hardy (Fox Chase, Philadelphia), som var medlem af Immgen siden starten, bort i juni 2016.
Aktuel statusRediger
I august 2016 har Immgen profileret mere end 250 naive cellepopulationer i musen ved hjælp af mikroarrays og flere dusin aktiverede celletyper ved hjælp af RNA-sekventering.