Joly forlod Vivendi i 2004 for at blive formand og administrerende direktør for CWT. I januar 2008 blev Joly udnævnt til formand og administrerende direktør for Carlson Companies, et amerikansk privat ejet internationalt konglomerat inden for hotel-, rejse- og restaurantfranchiseindustrien med mere end 175 000 ansatte i mere end 160 lande og territorier. Han tiltrådte stillingen i marts 2008 som afløser for Marilyn Carlson Nelson, datter af stifteren Curt Carlson. Under hans ledelse øgede CWT sin årlige omsætning fra 8,9 mia. dollar i 2003 til 25,5 mia. dollar i 2007.
Den 17. august 2012 fratrådte Joly sin stilling hos Carlson for at overtage stillingen som administrerende direktør hos Best Buy. Under Joly og hans Renew Blue-transformation i Best Buy tredobledes selskabets aktier i 2013 med fokus på at satse på store butikker, overlegen kundeservice, produktudvalg og tjenester som Geek Squad. Ifølge New York Times er Jolys øverste mål at matche den laveste pris, idet han er fast besluttet på at sikre, at en kunde, der kom til Best Buy som et showroom, ikke har nogen grund til at købe andre steder. “Strategien er meget enkel,” sagde han til New York Times i 2012, kort efter at han havde fået jobbet. “Vi tror på, at priskonkurrence er en del af bordet. Den måde, vi ønsker at vinde på, er omkring rådgivning, bekvemmelighed og service.”
Den 20. januar 2017 stod der i en rapport i den brasilianske avis Valor Economico, at Joly var i betragtning til posten som administrerende direktør hos Carrefour. Joly udsendte en erklæring: “Der har været rapporter om, at jeg er blevet overvejet til en CEO-rolle i en anden virksomhed. Lad mig gøre det klart, at jeg er fuldt ud engageret i Best Buy’s fortsatte transformation og har absolut ingen planer om at forlade virksomheden.”
Joly trådte tilbage som administrerende direktør for Best Buy i juni 2019 for at blive executive chairman for virksomheden. I juni 2020 trådte Joly tilbage som Executive Chairman og begyndte at undervise på Harvard Business School som Senior Lecturer of Business Administration. Han er fortsat rådgiver for Best Buy’s CEO og bestyrelse.
Joly er forfatter til den kommende bog, The Heart of Business, som udkommer på Harvard Business Review Press den 4. maj 2021.