Tidlig historie
Da spanierne ankom for at kolonisere Honduras, var landet beboet af en række forskellige indfødte folk, hvoraf de mest avancerede var mayaerne. Guld stimulerede den spanske erobring af området tidligt i det 16. århundrede, og den honduranske guldgraverby Gracias blev hovedstad i det spanske Mellemamerika (Audiencia de los Confines) i 1544. I 1548 havde spanierne imidlertid opbrugt guldet, og Santiago (Antigua Guatemala) blev den nye hovedstad i Kongeriget Guatemala. Honduras, med hovedstad i Comayagua og landbrug som grundlag for økonomien, var en provins af dette kongerige (audiencia) inden for vicekongedømmet Ny Spanien. I 1570’erne bragte et sølvfund i højlandet et væld af guldgravere til Honduras, hvilket resulterede i, at der opstod et vigtigt befolkningscenter i Tegucigalpa, som derefter, især i det 18. århundrede, konkurrerede med Comayagua. Landbruget, det varige økonomiske grundlag i Mellemamerika, udviklede sig imidlertid kun langsomt i Honduras. Udviklingen af det spanske samfund i Honduras-området blev hæmmet af kystangreb fra pirater og sørøvere, der var endemiske i det Caribiske Hav, og til sidst af en samordnet britisk indsats for at kontrollere kystområderne i Mellemamerika. I lange perioder brugte spanierne et blødt forsvar mod den caribiske trussel og trak sig tilbage til højlandet og Stillehavskystområderne, som generelt var tættere på deres kommunikations- og transportnetværk. Således kom briterne til at kontrollere det caribiske Mosquito-kystområde i Caribien. Sambo-Miskito-folkene langs kysten var briternes uundværlige allierede i dette forehavende. I det 18. århundrede gjorde de spanske bourbonkonger imidlertid en ihærdig indsats for at genvinde de caribiske kystområder, og deres succes i Hondurasbugten blev manifesteret ved færdiggørelsen af et fort i Omoa ved bugten i 1779.
Uafhængighed fra Spanien kom i 1821 og fra Mexico i 1823, da Honduras sluttede sig til dannelsen af de Forenede Provinser i Mellemamerika. Gnidninger mellem liberale og konservative fraktioner underminerede dog snart føderationen. Generelt gik de liberale ind for republikanisme, friere handel, mindre statslig regulering, fjernelse af det katolske præsteskabets politiske og økonomiske magt og efterligning af udenlandske udviklingsmodeller. De konservative forsvarede præstestyret, hælder til monarkisme, mistroede udenlandske modeller og var generelt mere traditionelle og pro-spanske i deres synspunkter. I 1830 blev en liberal honduransk liberal, Francisco Morazán, præsident for denne føderation, og i et årti fremmede han en liberal politik, der indskrænkede præsteskabets traditionelle magt og privilegier og øgede landbrugseksporten. Konservativ og folkelig modstand mod den liberale politik førte til føderationens sammenbrud, og Honduras erklærede sin absolutte uafhængighed den 5. november 1838. De pro-kirkelige konservative i Honduras overtog kontrollen under Francisco Ferrera, som blev den første forfatningsmæssige præsident den 1. januar 1841. I midten af det 19. århundrede støttede Honduras på trods af sin suverænitetserklæring bestræbelserne på at genoprette den mellemamerikanske union, mens dets reelle uafhængighed blev stærkt begrænset af dets mere magtfulde naboer. Den konservative dominans varede indtil 1870’erne, hvor kirken genvandt sin tidligere position, og den honduranske regering underskrev et konkordat (1861) med Pavestolen i Rom.
Efter 1871 havde Justo Rufino Barrios’ opstigning i Guatemala indflydelse på en tilbagevenden til liberalismen i Honduras, hvor Marco Aurelio Soto, en liberal, overtog præsidentposten (1876). I 1880 bekendtgjorde de liberale en ny forfatning, der søgte at ophæve de konservatives arbejde, og de flyttede også hovedstaden fra Comayagua til Tegucigalpa. Fem år senere viste de liberale i Honduras og andre steder sig først at være nationalister og blokerede et forsøg fra Guatemala på at forene holmen med magt. De liberale fortsatte med at dominere landet et godt stykke ind i det 20. århundrede og tilskyndede til udenlandske investeringer og økonomisk vækst, selv om Honduras fortsat var den fattigste stat på holmen.