Hemagglutininin, en af en gruppe naturligt forekommende glycoproteiner, der får røde blodlegemer (erytrocytter) til at agglutinere eller klumpe sammen. Disse stoffer findes i planter, hvirvelløse dyr og visse mikroorganismer. Blandt de bedst karakteriserede hæmagglutininer er dem, der forekommer som overfladeantigener (fremmede proteiner, der stimulerer produktionen af antistoffer) på virus i familien Orthomyxoviridae, som indeholder influenzavirusene, og familien Paramyxoviridae, som indeholder en række sygdomsfremkaldende virus, herunder dem, der forårsager mæslinger.

Hæmagglutininets tilstedeværelse på influenzavirusene gør det muligt for virusene at binde sig til sialinsyre på overfladen af celler i værtsdyr. Denne binding letter værtsinfektionen og bidrager derved til virussernes virulens. En lignende mekanisme menes at bidrage til mæslingevirussens smittefarlige karakter. Viralt hæmagglutininin stimulerer produktionen af antistoffer fra værtens immunsystem. Disse antistoffer binder sig til en del af hemagglutininin-antigenet, der er kendt som et epitop, hvorved virusset markeres med henblik på immunforsvarets ødelæggelse. I tilfælde af influenzavirus kan mutationer i generne, der koder for hemagglutininin, give anledning til nye epitoper, som gør det muligt for virusene at undgå antistofgenkendelse. Disse mutationer kan skyldes antigenafdrift eller antigenforskydning – processer, som kan give anledning til influenzavirus, der kan forårsage epidemier eller pandemier. Der findes 16 former af hæmagglutininin, betegnet H1 til H16, som er forbundet med influenzatype A-virus. Sammen med forskellige former af et viralt antigenprotein kaldet neuraminidase anvendes hemagglutininin til at skelne mellem subtyper af influenza A-virus (f.eks. H1N1, H5N1).

Antistoffer mod virus, der besidder hemagglutininin-antigener, kan påvises ved en hemagglutinin-inhibitionstest. Hvis en person eller et dyr bærer sådanne antistoffer, vil agglutinering af røde blodlegemer blive forhindret (se serologisk test).