ClubEdit
Real MadridEdit
Fernando blev født i Málaga, Andalusien. Efter at være startet i hjembyens Málaga CF afsluttede han sin fodboldopdragelse i La Liga-giganterne Real Madrids rækker, hvor han optrådte én gang for klubbens førstehold i 1999-2000-sæsonen, mod Real Zaragoza (90 minutter, 1-0 hjemmesejr).
Efter det kom Fernando til Real Valladolid på lån, da mange Real Madrid canteranos ville skifte til den klub i den tidsramme (Alberto Marcos, Víctor, José García Calvo osv.).
BetisRediger
I sommeren 2002 skrev Fernando under med Real Betis og scorede 15 mål i sin debutkampagne, hvor holdet sluttede på ottendepladsen, hvilket i høj grad skyldtes hans brasser mod Málaga (3-0), RCD Espanyol (4-2) og Real Sociedad (3-2). Han vandt karrierens eneste trofæ i 2005, nemlig 2-1 sejren i Copa del Rey over CA Osasuna.
Den 27. juni 2008, da hans rolle var mindre fra 2005 til 2008 – kun ti kampe i hans sidste sæson – underskrev Fernando en fireårig kontrakt med Málaga og vendte dermed tilbage til sin første ungdomsklub efter 11 år.
Málaga og senere årRediger
Fernando scorede sit første ligamål for Málaga den 23. september 2009 mod Espanyol, mere end et år efter ankomsten; det skete dog i et 1-2-nederlag på udebane. Han blev sparsomt brugt i sin debutsæson, men blev en fast starter i 2009-10, hvor han scorede ved fem lejligheder.
Fernando fortsatte i startopstillingerne i 2010-11-sæsonen under den nye manager Jesualdo Ferreira. På anden spilledag scorede han to gange i en 5-3 sejr i Zaragoza, hvor det første mål blev scoret efter blot 73 sekunder. Han blev sjældent brugt af den efterfølgende træner, Manuel Pellegrini, men bidrog alligevel med 21 kampe, da Boquerones endelig undgik nedrykning.
Den 21. august 2011 blev den 32-årige Fernando løst fra sin kontrakt. Han skiftede for første gang til udlandet den 4. februar det følgende år, da han sluttede sig til flere landsmænd i det ungarske Diósgyőri VTK. Han trak sig tilbage fra fodbold i juni 2013.
InternationaltRediger
Fernando vandt fire landskampe for Spanien på U21-landsholdet, på seks måneder. Hans første kom den 27. februar 2001, da han spillede anden halvleg i et 4-0 venskabslandskampsnederlag til England i Birmingham.