Amazoniens søkøer er planteædere, og derfor har de hverken fortænder eller hjørnetænder, men er veludrustede med kindtænder, der er designet til at knuse undervandsvegetation. I modsætning til andre pattedyr synes Amazonas-manater mærkeligt nok at regenerere kindtænder på bagsiden af deres kæber. Slidte kindtænder, der falder ud, erstattes hurtigt af helt nye kindtænder, der bevæger sig fremad for at dække hullerne.

Deres humør er lige så sødt som deres ansigt, de er føjelige dyr, der foretrækker roligere sortvandede søer og laguner. Disse områder byder på rigelig undervandsvegetation, som de kan spise. Når den tørre årstid kommer, og vandet fra den oversvømmede regnskov trækker sig tilbage, kan Amazonas-manater faste i uger eller måneder, hvis vegetationen er knap. Deres foretrukne føde omfatter vand- og halvvandsvegetation som f.eks. græs, vandsalat, blæreurt, hornurt, vandliljer og vandhyacinter, og hvis der falder palmefrugter i vandet, vil de også spise dem. På en gennemsnitlig dag kan en Amazonas-manate spise op til 5 til 18 % af sin kropsvægt. Hvis det er nødvendigt at faste, gør de fedtreserver og den lave stofskiftehastighed det muligt for Amazonas-mantien at overleve op til syv måneder med lidt eller ingen føde.

Som solitært dyr strejfer den rundt i hele Amazonasbassinet og kan spottes i Ecuador, Colombia, Peru, Bolivia, Venezuela, Guyana og Brasilien. Nogle gange kan den ensomme søkøer findes i grupper på op til otte individer. Man kan finde dem i overfladen af søer og floder, hvor de spiser deres føde. Besøgende vil sandsynligvis først få øje på søkøernes næse, da de kommer ud hvert fjerde minut for at få frisk luft, næsen først. I modsætning til deres internationale fætre lever Amazonas-manaterne udelukkende i ferskvandsmiljøer.

På udkig efter føde følger Amazonas-manaterne Amazonas-flodens sæsonbestemte bevægelser. I den våde sæson bevæger søkøerne sig mod oversvømmede områder, som er næringsrige og med rigelig vegetation, mens de i den tørre sæson derimod bevæger sig mod dybere farvande.

Amazoniens søkøer yngler i sæsonen i den periode, hvor vandstanden stiger. I Ecuador er de fleste fødsler blevet rapporteret i månederne januar og juni, men generelt synes fødsler at ske ofte mellem december og juli, og de fleste forekommer i februar og maj. Drægtighedsperioden er 12 til 14 måneder, og hunnerne får normalt endnu en unge hvert andet år. Når hvalpene er født, bæres de på ryggen af deres mødre eller svømmer tæt ved deres sider.

Amazoniske søkøer styrer deres kropstemperatur på en besynderlig måde. Sphincters i deres blodkar afbøjer blodstrømmen til områder, der er i tæt kontakt med vandet. Derudover bruger de deres kropsfedt til at reducere varmetabet. Dette er især nyttigt under deres fødejagt om aftenen, da Amazonas-manater er både dag- og nataktive.

Naturlige rovdyr for Amazonas-manater er bl.a. hajer, krokodiller og jaguarer. Desværre er fedt og kød fra søkøer meget værdsat af menneskelige jægere, som forfølger det langsomt bevægende dyr over søer og vandløb. I Ecuador er det nøjagtige antal søkøer ukendt, men man mener, at de er kritisk truede på grund af tab af levesteder, fiskeri og forurening fra olieudvindingsprojekter og olieudslip. Den smukke amazoniske søkøer er på sin egen måde en sårbar art, som i høj grad kan have gavn af støtte fra alle besøgende, både lokale og udenlandske.