Østersøen, et af de største brakvandsområder i verden, kan karakteriseres som et ungt, koldt hav med et forarmet økosystem på grund af saltholdighedsstress. Den nuværende Østersø blev dannet så sent som for 2000 til 2500 år siden, da de danske sunde blev mere smalle og lavvandede. Indstrømningen af ferskvand fra de omkringliggende landområder fik Østersøen til gradvist at få sin brakvandskarakter. I dag dækker Østersøen et areal på ca. 366.000 km2 som en række bassiner adskilt af lavvandede områder og fyldt med ca. 22.000 km3 brakvand. Disse bassiner er fra nord til syd: Den Botniske Bugt, Den Finske Bugt, Gotlandshavet og Bornholmshavet. Klimagradienten spænder fra næsten arktiske forhold i det yderste nord til et mere maritimt klima i de sydlige dele. Nordsøens saltvand er forbundet med Østersøen gennem det lavvandede Kattegat og svellerne i de danske sunde. Indstrømningen af saltvand sker på to forskellige måder, nemlig som en kontinuerlig strøm langs bunden på grund af saltholdighedsgradienten og som saltvandspulser, der opstår som følge af lufttryksfordelingen og vindretningen. Ferskvandstilførslen (500 km3 ) fra især de store floder svarer nogenlunde til nettoudstrømningen og understreger den sydgående strøm langs den svenske kyst, som også kompenserer for saltvandstilstrømningen. Tidevandsbevægelser kan ses i den sydlige del af Østersøen, men de er af mindre betydning for systemet. Den samlede vandmasse har en opholdstid på 25 år, og de hydrografiske forhold i de forskellige bassiner er stabile og domineres af en permanent haloklin og en termoklin, der udvikles hvert forår. Saltholdigheden varierer fra ca. 1-2 promille i den inderste del af Den Botniske Bugt til 10-15 promille i Bornholmshavet. Der sker en fuldstændig vertikal opblanding om vinteren i det mindste i de nordlige dele af havet. På grund af klimagradienten varierer isforholdene fra ca. fire måneders total isdække i de indre dele af Den Botniske Bugt til en måned eller mindre med kystis i den sydlige del af Østersøen. Den sæsonbestemte virkning er således mere udtalt i de nordlige dele.
De levende systemer i Østersøen er reduceret og tilpasset disse varierende forhold. Når man sammenligner de dybere bløde bunde i den Botniske Bugt med resten af Østersøen, kan man se følgende mønster. Den pelagiske primærproduktivitet stiger med en faktor 6 fra nord til syd. I de sydlige dele af havet er der et udpræget forårstop, mens forårets udvikling i den nordlige del af havet forsinkes eller erstattes af et sommermaksimum. Den samlede stigning i makrofaunaens biomasse er markant, fra ca. 1 g.m-2 (vægt) i nord til 100 g.m-2 (vægt) eller mere i syd. Biomasserne af meiofauna og zooplankton varierer mindre. Meiofaunaen stiger med en faktor 2-4, hvilket giver en biomasse på omkring det dobbelte af makrofaunaens i den nordligste del. Det ekstremt lave saltindhold i dette område bevirker, at toskallede fisk (filterfoder) ikke indgår i faunaen. De tilgængelige data, sammenholdt med meiofaunaens høje stofskifte, følger nogenlunde ændringerne i den primære produktivitet i Østersøen. Det skiftende forhold mellem makro- og meiofauna samt resultaterne af intensive undersøgelser af den makrobentiske amfipode Pontoporeia affinis (Lindström) tyder på, at makrofaunaen hovedsagelig reguleres af fødebegrænsning, og at de bentiske og pelagiske systemer er tæt koblet.