Skæve begivenheder begynder at finde sted, f.eks. at Spider-Man (Marvel-figur) dukker op i Gotham City sammen med Jokeren (DC-figur).På astralplanet bliver de to brødre, der repræsenterer Marvel- og DC-multiverset, klar over, at de ikke er alene i universet: Brødrene opdager hinandens eksistens.
Superhelte og skurke, antihelte, civile eller betjente bliver i deres respektive multiverser ramt af mærkelige gule lys, der transporterer dem. Mens nogle kæmper og undrer sig over, hvad der foregår, bruger andre, som Doctor Strange (Marvel) og andre mystikere, deres magi til at finde svaret. I Batcave er Bullseye (Marvel) forvirret og truer Batman (DC) med at dræbe Robin (DC), hvis han ikke fortæller ham, hvad der foregår. Robin slipper fri, og Batman slår Bullseye ud, men et gult lys transporterer Robin til X-Mansion, hjemsted for X-Men (Marvel).
Hulk (Marvel) som Master Hulk (den mest magtfulde af hans personligheder, da han er en sammensmeltning af Bruce Banners sind og Hulks fysik), er sammen med Betty Ross, da han pludselig forsvinder uden varsel. På Daily Planet har Clark Kent (DC) nu to chefer: Perry White (DC) og Jonah Jameson (Marvel). Han har også fået en ny fotograf som sidekick: Peter Parker (som i virkeligheden er Ben Reilly, der bruger navnet på den rigtige Spider-Man, da han nu befinder sig i DC’s multiversum, er der ingen, der kender ham).
En figur leder efter X-Factor’s hule, men finder i stedet en butik med Looney Tunes-tema. Axel Asher finder en mistænkelig hjemløs mand i en gyde med en glødende kasse, der forsøger at dække den med gaffatape, og han forklarer, at det er en af de resterende dele fra dengang Big Bang opstod, som ud over at skabe et solsystem også skabte en række universer og parallelle jordkloder (såsom Marvels Earth 616 og DC’s Earth 0).
Nu da brødrene kender til hinandens eksistens, har de ikke tænkt sig at stoppe. De afslører for alle i begge universer, at de engang var forenet, men at de kæmpede mod hinanden og ødelagde hinanden, genopbyggede hinanden hver for sig, men efterhånden skabte deres egne forskelle og glemte, hvornår de kendte hinanden; men at de begge var trætte af hinandens eksistens og besluttede sig for at ødelægge hinanden. Med råd fra de kosmiske væsener The Spectre (DC) og The Living Tribunal (Marvel) udfordrer de hinanden til en duel med flere kampe, hvor de hver især bruger figurer eller mestre fra deres eget hovedunivers (Earth 616 og Earth 0). Taberen forsvinder.
Der er elleve kampe mellem hovedheltene:
Thor (Marvel) vs. Shazam (DC)
De teleporteres og får at vide, at de skal kæmpe, men beslutter sig først for at bede til deres respektive fædre og guder. Mens de slås, tror Thor og Shazam, at de kan lære brødrene at finde sammen. Da Thor efterlader Shazam fanget i murbrokkerne, siger han Shazam og bliver til sit alter ego, en dreng ved navn Billy Batson. Thor bemærker, at Shazam også bruger tordenens kraft, og da han bryder fri, siger han igen Shazam. Thor bruger sin hammer og kontrollerer lynet, men da han rører ved hammeren, giver lynet ham en bivirkning, og han teleporteres til New York, hvor Wonder Woman finder hammeren, samler den op og får Thors kræfter, mens Thor allerede har vundet.
Namor (Marvel) vs. Aquaman (DC)
Vandmændene kæmper, men i vandet er de meget jævnbyrdige, så Namor slår Aquaman på overfladen (da Namor kan flyve), men Aquaman kontakter en hval, der hopper nær stranden og knuser Namor, så Aquaman vinder.
Quicksilver (Marvel) vs. Flash (DC)
De to kæmper i superspeed og vædder om, hvem der er den hurtigste; en lastbilchauffør bliver distraheret af dem, og Flash redder ham sammen med køretøjet og de andre passagerer, men Quicksilver overrasker Flash med et slag og efterlader ham svag. Men da Quicksilver ikke er på vagt, forbedrer Flash sit angreb og giver ham et slag, der besejrer ham og gør ham til vinder. På Daily Planet har Kingpin overtaget bygningen, mens Lois Lane bliver forelsket i Peter Parker.
Jubilee (Marvel) vs. Robin (DC)
Jubilee fra X-Men er bestemt til at kæmpe mod Robin, hvilket er svært, da hun har været forelsket i ham, siden han dukkede op i X-Mansion. Mens Júbilo skriver deres kærlighedshistorie i sin dagbog, fortæller Robin hende, at det er på tide, de holder hinanden i hånden og teleporterer sig.
Robin lover ikke at gøre Júbilo fortræd. Hun kaster sin kraft mod ham, mens Robin snyder hende ved at gemme sig og efterlade sin kappe; men hun tror, at hun ser ham og skyder ham, men det lykkes hende ikke at vinde, da den dygtige unge mand immobiliserer hende med en kobberlasso og vinder kampen.
Silver Surfer (Marvel) vs. Green Lantern (DC)
I det dybe rum ønsker hverken Green Lantern eller Silver Surfer at kæmpe, men de ved, at deres kamp er nødvendig, hvilket afslører, at før kampen og efter karakterbytningen gik Surfer og Lantern sammen. Lantern og Surfer står over for hinanden, men da deres kræfter støder sammen, vinder Silver Surfer, som dog fortryder sejren.
Elektra (Marvel) vs. Catwoman (DC)
Catwoman er forvirret, da hun ikke kan forklare, hvorfor hun blev valgt som mester for sit univers, hvis hun er en antiheltinde og ikke en heltinde. Catwoman kradser Elektra og vikler hendes arm ind i hendes pisk, men Elektra trækker hende tilbage med pisken og sørger for ikke at slå hende ihjel. Catwoman kaster sin pisk for at gå ovenpå, men Elektra skærer den af, og Catwoman falder bevidstløs om, mens Elektra vinder.
I Metropolis frier Peter til Lois på en date, men hun afslører for ham, at hun allerede er forlovet med Clark. Peter, der er flov, beslutter sig for at gå i mørkekammeret for at fremkalde billeder. Han er meget bekymret, da Marvel Multiverse afhænger af, om Spider-Man vinder eller taber, da hans arcane-sans aktiveres, og han teleporteres. Jonah dukker op sammen med Clark og Lois og fortæller dem, at Hulk kæmper mod Metallo.
I gyden er Asher rædselsslagen over alt dette, da den mystiske vagabond afslører for ham, at gyden er det eneste punkt, som de to multiverser har til fælles i begge virkeligheder, og at Asher og han er et par fragmenter af Marvel og DC, men at Asher bor i Marvel. Vandringsmanden rører ham og giver ham den indre kraft (farvet Marvel rødt og DC blåt, farverne på deres respektive logoer), da Asher er den næste efterfølger til at adskille brødrene fra hinanden, idet Access er Access. Axel har, i modsætning til alle sine forgængere, den mest afgørende stilling.
Wolverine (Marvel) vs. Lobo (DC)
På en fjern planet slår Lobo en af sine kroge ind i Wolverines hjerte (mellem hans adamantium ribben), men han forventer ikke, at Wolverine vil regenerere. Begge kæmper, men Wolverine foretrækker at udtage og Lobo at knuse. Men Wolverine stikker Lobo ned, og Lobo kan ikke længere kæmpe, mens den anden vinder og begynder at ryge.
Storm (Marvel) vs. Wonder Woman (DC)
I starten af kampen smider Wonder Woman (Wonder Woman) Thors hammer væk, da hun føler, at det ikke ville være fair, og hun foretrækker at kæmpe med de egenskaber, hun fik i sit multiversum. Under kampen sparker Wonder Woman Storm, men Storm giver hende to elektrochok og vinder.
Spider-Man (Marvel) vs. Superboy (DC)
Ben starter med at slå Superboys briller af, hvilket øger hans raseri. Derefter gemmer Ben sig bag en vandcisterne, men Superboy bruger sin taktile telekinese til at flytte ham. Under kampen spørger Ben ham, hvilken blodsforbindelse Superboy har med Superman, og Superboy fortæller ham, at han er en yngre klon, hvilket gør Ben ked af det og får ham til at forstå, at grunden til, at brødrene satte ham til at kæmpe mod ham, var, fordi de begge er kloner, så hvis den rigtige Peter var blevet valgt, ville Peter have stået over for Superman. Superboy forsøger at gribe fat i ham, men Ben svarer igen med et spark; Superboy er under vandet, og selv om Ben’s arkansansans slår til, slår Superboy ham.
svækket ser Ben en kontakt, da Superboy går efter ham, da Ben finder på et nyt trick: han hopper og fylder Superboys øjne med net, og Superboy falder ind i kontakten og får elektrisk stød, hvorved han taber kampen og taber 6-3.
Hulk (Marvel) vs. Superman (DC)
Superman ankommer med sin superhastighed til Hulk, der har besejret Metallo. Da det går op for Hulk, at de endnu ikke er blevet teleporteret, beslutter han, at de må kæmpe. I kampen får de hver især et slag og bliver ramt hårdt for første gang i deres liv. Superman har egentlig ikke lyst til at kæmpe, men da han forstår sin forlovedes situation, slår han Hulk af alle kræfter og slår ham bevidstløs, og Superman vinder med 6-4.
Captain America (Marvel) mod. Batman (DC)
Både figurer teleporteres ind i kloakkerne og kæmper mellem skjold og batarangs, men i nærkampen kaster Captain America Batman ind i et kloakrør, som sprænger, så stedet bliver oversvømmet. Batman tager en ilttank på, og da Captain America ikke har en, bliver han slået bevidstløs, og Batman redder ham og vinder 6-5. Fem af kampene blev afgjort ved publikumsstemmer. Marvel fik flere stemmer end DC, så Marvel vandt, selv om historien ikke viser en vinder.
Trods Marvels triumf (og trods Wolverine, Storm og Spider-Mans kontroversielle sejre over henholdsvis Lobo, Wonder Woman og Superboy) var der intet univers, der var villig til at forsvinde. For at forhindre total ødelæggelse skabte Spectre og The Living Tribunal et univers kaldet Amalgam Line adskilt fra de andre universer, hvor kun Axel Asher (senere kendt som Access) og Dr. Strangefate kendte sandheden. Til sidst genoprettede Access virkeligheden.
Axel er i vild søgen efter, hvad han skal gøre med sine kræfter, da Drifter ser Batman dukke op fra kloakkerne med Captain America, der forsøger at få ham til at reagere med succes. Asher udtænker en plan, men den mislykkes i praksis, for ved at røre ved Batman og Kaptajn og sætte dem i det modsatte multiversum, løser brødrene striden ved at skabe det nye Amalgam-univers, som ville blive besat af “kombinerede” versioner af forskellige helte, f.eks. Dark Claw, som er en forening af Batman og Wolverine.
Når Dr. Strangefate (en sammensmeltning af Charles Xavier, Doctor Strange og Doctor Fate, som kendte sandheden om sin verden) overlever, vender han sig mod Asher, fordi han ønsker at forlade sin verden. Access leder efter de nøgler, der er deponeret sammen med Super-Soldier og Dark Claw, mens de går gennem gyden for at genoprette universet. Til sidst genopretter han ved at røre ved de sammensmeltede superhelte begge universer på samme tid som Batman og Captain America, hvilket får ingen til at huske Amalgam Universe.
I en grotte kæmper Hulk mod muldvarpe-mændene, og de afslører et desintegrator-våben, men Superman dukker op og hjælper ham, og det lykkes ham at vinde. På Daily Planet truer Kingpin stadig med at købe den, da Spider-Man og Superboy stopper ham. I New York søger Thanos Darkseid for at afslutte kampen, da Lobo og Wolverine kæmper mod ham, ligesom Flash og Quicksilver kæmper mod Venom.
The Spectre og The Living Tribunal er glade for, at brødrene er blevet adskilt, da der pludselig opstår rystelser i begge universer. Axel, Batman og Cap forsøger at beskytte folk, men Axel begrunder det og fortæller dem, at det er forgæves, da de vil dø i sidste ende, fordi brødrene kæmper. Wolverine og Lobos kamp øges, da de møder Quicksilver, Flash, Shazam og Thor; Thanos efterlader Venom svag, og de går alle imod ham, men Thor er forvirret over Wonder Woman og hendes evne til at løfte sin hammer. På Daily Planet ser Superboy og Spider-Man, at himlen begynder at bløde og indser, at selv hvis de kommer ud, er det enden på deres verdener, så Jameson undskylder over for Spider-Man. Alle heltene stopper deres virksomhed og indser, at deres kampe er meningsløse, og verdenerne begynder at smuldre. Mens alle ser det som det værste, ser Thanos det som smukt.
Captain America og Batman udarbejder en plan for at stoppe ham, og Access tager dem med ud af kosmos, hvor de bogstaveligt talt ser Marvel og DC kæmpe med sværd (hvilket forklarer de blødende himle). Cap og Batman foreslår at tage tilbage og bringe en hær med, men Access fortæller dem, at deres verdener er ved at dø, og at det er for svært at teleportere længere. Batman og Cap taler til deres respektive universer, men universerne kan ikke høre dem, når DC og Marvel slår klinger med hinanden og giver dem de modsatte figurer.
Axel er forvirret, men da alt syntes tabt, ser Marvel en dreng, der levede og voksede op i skyggerne, blive stærkere og stærkere med sine svagheder og beskytte andre. DC ser en dreng med håb, der med succes donerer sin krop til videnskaben og kæmper for det gode, og bliver et inspirerende ikon for mange. Pludselig stopper alting, brødrene holder op med at slås, tager kaptajnen og Batman ind i sig og giver for første gang hinanden hånden og siger: “Du har gjort det godt.”
Alt er bragt i orden, og de vender tilbage til deres verdener. Selv om mange søger at kende sandheden, er det kun Access, der kender den. Da revnerne lukker sig, lover Júbilo Robin, at han aldrig vil glemme. Wonder Woman og Thor søger efter svar, men hverken amazonerne eller Odin ved, hvad der sker, mens andre som Spider-Man og Superman tænker sig om og indser, at verdenerne er bedre stillet. Access lover at blive beskytter mellem søskende, så det ikke sker igen.