Publikationer
I et af sine tidlige værker, en medicinsk afhandling om mælkens dyder, Libellus de lacte et operibus lactariis (1545), inkluderede han et brev til en ven, hvori han lovpriste bjergene som et af naturens største vidundere. Denne henvisning og en senere beretning om hans bestigning af Pilatusbjerget (1555) udgør en af de første optegnelser om bjergbestigning.
I 1545 udgav Gesner sin Bibliotheca universalis, den første bibliografi af sin art, der indeholder en alfabetisk liste over ca. 1.800 forfattere med titler på deres værker, anmærkninger, vurderinger og kommentarer om karakteren og fortjenesten ved hver enkelt post. Denne monumentale reference blev i 1548 fulgt op af det encyklopædiske værk Pandectarum sive Partitionum universalium Conradi Gesneri…libri xxi, hvori Gesner forsøgte at give en oversigt over den registrerede viden i verden under 21 overskrifter. De første 19 bøger blev udgivet i 1548; den sidste, der var helliget teologisk tænkning, blev udgivet i 1549, mens den 20., om medicin, aldrig blev færdiggjort.
Gesners næste monumentale præstation var et kompendium af den registrerede viden om dyrelivet, Historiae animalium, hvori han forsøgte at skelne observerede kendsgerninger fra myter og folkelige vildfarelser. Det første bind (1551), et generøst illustreret værk på 1.100 folio-sider, beskæftigede sig med vivipare firbenede dyr (firbenede dyr, der føder levende unger). Senere bind om æglæggende firbenede dyr (dem, der udklækker unger fra æg), fugle, fisk og andre vanddyr fulgte i 1554, 1555 og 1556; det delvist færdige femte bind om slanger blev udgivet posthumt i 1587.
Gesner færdiggjorde aldrig en tilsvarende omfattende oversigt over plantelivet, men hans noter og omkring 1.500 træsnit af planter og deres vigtige blomster og frø blev brugt af andre forfattere i to århundreder efter hans død. Selv om han i sin egen levetid var mest kendt for sine botaniske værker, udgav Gesner også Mithridates: de differentis linguis (1555), en redegørelse for omkring 130 dengang kendte sprog, og en udgave (1556) af værker af den romerske blandingsskribent Claudius Aelian fra det 3. århundrede.