City of Boerne v. Flores, sag, hvor den amerikanske højesteret den 25. juni 1997 afgjorde (6-3), at Religious Freedom Restoration Act (RFRA) fra 1993 overskred kongressens beføjelser. Ifølge domstolen var loven ganske vist forfatningsmæssig for så vidt angår føderale foranstaltninger, men den kunne ikke anvendes på delstaterne.

I Boerne, Texas, var den lokale katolske kirke, en traditionel bygning i adobe-stil, blevet for lille til sin menighed, og i 1993 søgte Patrick F. Flores, ærkebiskop i San Antonio, om tilladelse til at udvide kirken. Byrådet nægtede at give tilladelsen med henvisning til en bekendtgørelse, der havde til formål at bevare byens historiske kvarter. Flores anlagde sag med påstand om, at afslaget på tilladelsen var i strid med RFRA, som fastslår, at “regeringen ikke må lægge en væsentlig byrde på en persons religionsudøvelse, selv om byrden skyldes en regel af generel gyldighed”. Loven gjaldt for den føderale og statslige regering.

RFRA kom tre år efter Employment Division, Department of Human Resources of Oregon v. Smith (1990), hvor Højesteret fastslog, at en stat kunne nægte arbejdsløshedsunderstøttelse til medlemmer af den indianske kirke, der var blevet fyret fra deres job, fordi de indtog peyote til sakramentale formål; retten forklarede, at love, der er officielt neutrale med hensyn til religion, kan anvendes af regeringen. Som svar herpå vedtog Kongressen RFRA, som gør det vanskeligere for regeringer at tilsidesætte religionsfriheden. Ved at udvide loven til at omfatte delstatsregeringer støttede Kongressen sig på afsnit 5 i det fjortende tillæg, som gav den beføjelse til at håndhæve bestemmelserne i dette tillæg; det fjortende tillæg kræver en retfærdig rettergang, før nogen person berøves liv, frihed eller ejendom, og lige beskyttelse i henhold til loven.

I Flores gav en føderal distriktsdomstol Boerne ret og fastslog, at RFRA var forfatningsstridig. Fifth Circuit Court of Appeals omgjorde imidlertid sagen ved at finde loven forfatningsmæssig.

Sagen blev behandlet ved Højesteret den 19. februar 1997. Den fastslog, at Kongressen ikke har uindskrænket skønsbeføjelse til at vedtage love i henhold til afsnit 5 i det fjortende tillæg. Kongressen har kun beføjelse til at håndhæve bestemmelserne, fastslog retten, men kan ikke ændre den rettighed, som den håndhæver. Kongressen har faktisk beføjelser til at afhjælpe misbrug i henhold til det fjortende tillæg. For at illustrere dette punkt citerede domstolen loven om stemmerettigheder fra 1965. Domstolen havde bekræftet denne lov i forskellige sager, idet den fandt, at Kongressen havde ret til at vedtage stærke “afhjælpende og forebyggende foranstaltninger” for at rette op på “udbredt og vedvarende racediskrimination” i USA. I tilfældet med RFRA fandt domstolen imidlertid, at lovens lovgivningshistorie manglede “eksempler på eksempler på generelt gældende love, der var blevet vedtaget på grund af religiøs fanatisme i de seneste 40 år”. Endvidere fandt retten, at loven var “så ude af proportioner med et formodet afhjælpende eller forebyggende formål, at den ikke kan forstås som værende lydhør over for eller designet til at forhindre forfatningsstridig adfærd.”

Dertil kommer, at retten fandt, at RFRA var for bred og ville føre til indgreb på alle niveauer af regeringen. Retten undrede sig over, hvordan den ville afgøre, om en statslig handling i væsentlig grad belastede en persons religionsfrihed. Retten konkluderede, at RFRA var “et betydeligt indgreb fra kongressens side i staternes traditionelle prærogativer og generelle beføjelser” og derfor var forfatningsstridig, når den blev anvendt på stater. Afgørelsen fra Fifth Circuit blev omstødt.