Det første valg siden det skæbnesvangre valg i 1936 blev afholdt i marts 1946. Disse var behæftet med fejl, og da den yderste venstrefløj undlod at stemme, resulterede det i en fejlagtig sejr til den royalistiske højrefløj. I september udstedte en folkeafstemning et votum for kong George II’s tilbagevenden; han døde inden for seks måneder, og hans bror Paul efterfulgte ham. På denne baggrund gled landet mod borgerkrig, da den yderste venstrefløj var uafklaret med hensyn til, om den skulle arbejde inden for det politiske system eller fremsætte et væbnet bud på magten.

Vendepunktet kom med etableringen i oktober 1946 af en kommunistisk kontrolleret demokratisk hær, og det følgende år etablerede kommunisterne en provisorisk demokratisk regering. Selv om kommunisterne var stærkt underlegne i antal, var de i stand til – med logistisk støtte fra de nyetablerede kommunistiske regimer mod nord, kombineret med en dygtig brug af guerillataktik – at kontrollere et stort område i det nordlige Grækenland i en betydelig periode. Efter erklæringen af Truman-doktrinen i marts 1947, hvori der blev givet tilsagn om støtte til “frie folk” i deres kamp mod intern undergravning, begyndte tidevandet gradvist at vende. USA, der overtog Storbritanniens tidligere rolle som Grækenlands vigtigste eksterne protektor, leverede snart militært udstyr og rådgivning. Den amerikanske intervention og konsekvenserne af bruddet mellem Josip Broz Tito (under hvis ledelse den jugoslaviske stat til sidst ville blive forenet) og Stalin, kombineret med fraktionalisme og ændret militær taktik på venstrefløjen, bidrog alle til, at de kommunistiske guerillaer blev besejret i sommeren 1949.

Grækenland kom ud af de møjsommelige 1940’ere i en tilstand af ødelæggelse. Det politiske regime efter borgerkrigen var udpræget autoritært, og fra midten af 1950’erne gennemgik Grækenland en hurtig, men ujævnt fordelt proces af økonomisk og social udvikling og overgik langt sine kommunistiske naboer mod nord i levestandard. Befolkningen i Athen blev mere end fordoblet mellem 1951 og 1981, og i begyndelsen af 1990’erne var omkring en tredjedel af hele befolkningen koncentreret i hovedstadsområdet. Men selv om urbaniseringen gik hurtigt fremad, og levestandarden steg hurtigt, kunne landets politiske institutioner ikke holde trit med de hurtige forandringer. Højrefløjen bevarede et fast greb om magten i størstedelen af perioden fra 1952 til 1963 og var ikke for forsigtig med de midler, den anvendte for at bevare den.

I begyndelsen af 1960’erne var vælgerne – som nu også omfattede kvinder – imidlertid blevet stadig mere desillusionerede over den undertrykkende arv fra borgerkrigen og søgte forandring. Georgios Papandreou, hvis centerunionsparti sikrede sig en fejende sejr i 1964, imødekom dette behov som premierminister; men løftet om reformer og modernisering blev dog tilsidesat med fornyet krise på Cypern, og grupper inden for hæren konspirerede for at undergrave landets demokratiske institutioner. En guerillakampagne på Cypern, som den græsk-cypriotiske general Georgios Grivas førte fra midten af 1950’erne med stædighed og skånselsløshed, havde i 1960 resulteret i, at briterne ikke indrømmede den union med den græske stat, som det overvældende græsk-cypriotiske flertal på øen ønskede, men derimod uafhængighed. I løbet af tre år var de omfattende aftaler om magtdeling mellem det græske flertal og det tyrkiske mindretal på øen imidlertid brudt sammen.

Under og efter borgerkrigen var Grækenlands væbnede styrker begyndt at betragte sig selv ikke kun som landets vogtere mod udenlandsk aggression, men også som landets forsvarere mod intern undergravning. De betragtede i stigende grad Georgios Papandreou som en forfølger for hans langt mere radikale amerikansk uddannede søn, Andreas Papandreou, der var vendt tilbage til Grækenland og indtrådt i sin fars regering.

I april 1967 iværksatte officerer i mellemste rang under ledelse af oberst Georgios Papadopoulos et kup, der havde til formål at forpurre en forventet sejr for Centrumunionen ved det valg, der var planlagt til maj samme år. Konspiratorerne benyttede sig af en langvarig politisk krise, der havde sin oprindelse i en strid mellem den unge kong Konstantin II, der havde efterfulgt sin far, kong Paul, på tronen i 1964, og hans premierminister, Georgios Papandreou. “Obersterne”, som militærjuntaen blev kaldt, førte skiftevis en hård og absurd politik og regerede landet forkert fra 1967 til 1974. Efter et mislykket modkuppet kup i december 1967 gik kong Konstantin i eksil, og Papadopoulos overtog rollen som regent. I 1973 blev monarkiet afskaffet, og Grækenland blev erklæret for en republik. Samme år blev Papadopoulos efter studenterprotester, som blev slået voldeligt ned, selv væltet fra juntaen og erstattet af den endnu mere undertrykkende general Demetrios Ioannidis, leder af det meget frygtede militærpoliti.

I juli 1974, i kølvandet på en stadig mere bitter strid mellem Grækenland og Tyrkiet om olierettigheder i Det Ægæiske Hav, iværksatte Ioannidis, der søgte at opnå en nationalistisk triumf, et kup for at afsætte Makarios III, ærkebiskop og præsident for Cypern siden 1960. Makarios overlevede, men kuppet udløste en invasion af den nordlige del af øen fra Tyrkiet, som sammen med Storbritannien og Grækenland var garant for forfatningsaftalen fra 1960. Den tyrkiske hær besatte næsten to femtedele af øens landområde på trods af, at den tyrkiske befolkning udgjorde mindre end en femtedel af den samlede befolkning. Ioannidis reagerede på den tyrkiske invasion ved at mobilisere til krig mod Tyrkiet. Mobiliseringen viste sig imidlertid at være kaotisk, og regimet, der var bittert upopulært indenrigspolitisk og totalt isoleret diplomatisk, kollapsede.