Andres Bonifacio blev født i Tondo, Manila, den 30. november 1863. Han voksede op i slummen og kendte af praktisk erfaring de faktiske forhold i klassekampen i sit samfund. Han blev tidligt forældreløs og afbrød sin grundskoleuddannelse for at tjene til livets ophold som håndværker og derefter som ekspeditionssekretær og agent for udenlandske handelsfirmaer i Manila. Bonifacio tilegnede sig den klassiske rationalismes lære gennem José Rizals værker, Victor Hugos “Les Miserables”, Eugène Sues “Den vandrende jøde”, bøger om den franske revolution og USA’s præsidenters liv, hvilket gav ham en forståelse for dynamikken i den sociohistoriske proces. Dette fik ham til at tilslutte sig Liga Filipina, som Rizal organiserede i 1892 med det formål at forene og intensivere den nationalistiske bevægelse for reformer.
Da Ligaen blev opløst ved Rizals arrestation og forvisning, dannede Bonifacio i 1892 Katipunan og udgjorde dermed samlingspunktet for folkets agitation for frihed, uafhængighed og lighed. Katipunan havde sine indvielsesritualer efter frimureriet som mønster, men dens ideologiske principper stammede fra den franske revolution og kan betragtes som radikale i sin materialistisk-historiske orientering. Katipunan ophøjede arbejdet som kilden til al værdi. Det henledte opmærksomheden på den uretfærdige klassestruktur i kolonisystemet, den øgede udbytning af den indfødte befolkning og følgelig behovet for at bekræfte de arbejdende massers kollektive styrke for at ødelægge det uretfærdige system.
Da samfundet blev opdaget den 19. august 1896, havde det omkring 10.000 medlemmer. Den 23. august samledes Bonifacio og hans tilhængere i Balintawak og blev enige om at indlede den væbnede kamp. To dage senere fandt den første skænderi sted, og snart fulgte et terrorregime fra spaniernes side.
Konflikten splittede oprørerne op i de to grupper Magdiwang og Magdalo i Cavite på Luzon. Bonifacio blev opfordret til at mægle, men blev afvist af den klanagtige middelklasse i Cavite. Da Bonifacios planer blev betragtet som splittende og skadelige for enheden, beordrede general Emilio Aguinaldo, den valgte præsident for den provisoriske revolutionære regering, at Bonifacio og hans brødre skulle arresteres, retsforfølges og henrettes for “forræderi og oprør”. Den 10. maj 1897 blev Bonifacio henrettet.
I modsætning til den populære opfattelse kan årsagen til Bonifacios tragiske død i hænderne på andre filippinske oprørere ikke udelukkende tilskrives hans egen personlige stolthed. Snarere var det korrelationen mellem klassekræfterne og den eventyrlystne tendens i Bonifacios gruppe, der førte til hans isolation og efterfølgende til Aguinaldo’s kompromiser med de amerikanske militære invasionsmagter.