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En una de sus primeras obras, un tratado médico sobre las virtudes de la leche, Libellus de lacte et operibus lactariis (1545), incluyó una carta a un amigo en la que ensalzaba las montañas como una de las mayores maravillas de la naturaleza. Esta referencia y un relato posterior de su escalada del monte Pilatus (1555) proporcionan uno de los primeros registros del alpinismo.
En 1545 Gesner publicó su Bibliotheca universalis, la primera bibliografía de este tipo, en la que se enumeran unos 1.800 autores por orden alfabético con los títulos de sus obras, anotaciones, evaluaciones y comentarios sobre la naturaleza y el mérito de cada entrada. A esta monumental referencia le siguió, en 1548, la obra enciclopédica Pandectarum sive Partitionum universalium Conradi Gesneri…libri xxi, en la que Gesner intentaba hacer un repaso del conocimiento registrado del mundo bajo 21 epígrafes. Los primeros 19 libros se publicaron en 1548; el último, dedicado al pensamiento teológico, se publicó en 1549, mientras que el vigésimo, sobre medicina, nunca se completó.
El siguiente logro monumental de Gesner fue un compendio de los conocimientos registrados sobre la vida animal, la Historiae animalium, en la que trató de distinguir los hechos observados de los mitos y los errores populares. El primer volumen (1551), una obra generosamente ilustrada de 1.100 páginas en folio, se ocupaba de los cuadrúpedos vivíparos (animales de cuatro patas que tienen crías vivas). Los volúmenes posteriores dedicados a los cuadrúpedos ovíparos (los que tienen crías a partir de huevos), a las aves y a los peces y otros animales acuáticos se publicaron en 1554, 1555 y 1556; el quinto volumen, parcialmente completado, sobre las serpientes, se publicó póstumamente en 1587.
Gesner nunca completó un estudio igualmente exhaustivo de la vida vegetal, pero sus notas y unos 1.500 grabados en madera de plantas y sus importantes flores y semillas fueron utilizados por otros autores durante dos siglos después de su muerte. Aunque en vida fue más conocido por sus obras botánicas, Gesner también publicó Mithridates: de differentis linguis (1555), una relación de unas 130 lenguas conocidas en aquel momento, y una edición (1556) de las obras del escritor romano del siglo III Claudius Aelian.