Se compararon dos métodos de extracción diferentes para extraer proteínas de almacenamiento de sorgo (Sorghum bicolor L. Moench.) para el análisis por electroforesis capilar de zona libre (FZCE). Se comparó un disolvente tradicional basado en t-butanol al 60% con un tampón de borato de pH 10 que contenía el detergente aniónico SDS, seguido de la precipitación de las nonkafirinas utilizando t-butanol al 60%. El análisis FZCE de ambos tipos de extractos mostró patrones idénticos, a pesar de que el SDS debería haber dado a todas las proteínas una relación carga-masa igual. Esta metodología también se aplicó con éxito a las proteínas del maíz. Se cree que el uso de t-butanol para precipitar las no-kafirinas, combinado con la electroforesis a bajo pH, ha eliminado el SDS de las proteínas de almacenamiento. El procedimiento de extracción con SDS produjo extractos más estables para el análisis FZCE. Estos extractos también pudieron utilizarse directamente para separaciones por electroforesis capilar SDS (SDS-CE). Las kafirinas de 15 genotipos fueron extraídas con este procedimiento y analizadas por FZCE y SDS-CE. La resolución de las kafirinas por FZCE fue mucho mayor que la SDS-CE, lo que demuestra que las proteínas de kafirina poseían un alto nivel de variabilidad de la densidad de carga dentro de una distribución de tamaño molecular relativamente pequeña. En los electroferogramas de FZCE se observaron dos grupos distintos de α-kafirinas.