MO > MO2 > NMM

Tienes que usar MO2 con Fallout 4, ya que el MO normal no funciona. Para todos los demás juegos, puedes usar el MO normal.

Yo usé NMM al principio, a pesar de que la gente me decía que empezara con MO (estaba jugando a Skyrim primero, así que usé MO). Todo parecía estar bien al principio con sólo unos pocos mods, pero una vez que tuve más de 100 mods, noté que aparecían muchos problemas. Me di cuenta de que era porque NMM no instala la mayoría de los mods correctamente y definitivamente no actualiza/actualiza los mods correctamente, y por eso MO (o MO2 para Fallout 4) es mejor. MO y MO2 instalan los mods virtualmente y no cambian la estructura de archivos del juego, por lo que es muy fácil instalar, actualizar, fusionar y desinstalar mods sin problemas graves. Después de perder demasiadas horas para contarlas intentando arreglar los problemas usando NMM, finalmente me rendí y escuché a toda la gente que me dijo que usara MO desde el principio y me cambié. Al principio fue un dolor de cabeza porque ya llevaba unos cientos de horas con mi personaje de Skyrim, pero pude transferir todo de NMM a MO y conseguir que todo funcionara. No fue hasta que tuve todo configurado en MO que me di cuenta de que más de la mitad de mis mods ni siquiera estaban instalados o actualizados correctamente en NMM. MO/MO2 parecía muy confuso a primera vista, pero sólo hizo falta ver un rápido vídeo de YouTube para averiguar cómo utilizarlo correctamente. Cualquiera que utilice más de unos pocos mods debería utilizar MO/MO2 en lugar de NMM. Usa MO2 para Fallout 4 y usa MO para Skyrim y cualquier otro juego con mods.

Quizás quieras echar un vistazo a este post y a este otro que, en esencia, hacen la misma pregunta que tú.