AntecedentesEditar
Una verdadera comprensión de la diferenciación celular en el sistema inmunitario requerirá una perspectiva general del perfil transcripcional de cada tipo de célula de los sistemas inmunitarios adaptativo e innato, y de cómo estos perfiles evolucionan a través de la diferenciación celular o la activación por ligandos inmunogénicos o tolerogénicos. El proyecto ImmGen pretende establecer la hoja de ruta de estos estados transcripcionales.
Compendio de expresión génicaEditar
El primer objetivo de ImmGen es generar un compendio de perfiles transcripcionales de todo el genoma (inicialmente por microarray, ahora principalmente por secuenciación de ARN) para casi todas las poblaciones celulares caracterizadas de los sistemas inmunitarios adaptativo e innato en el ratón, en las principales etapas de diferenciación y activación. Este esfuerzo está siendo llevado a cabo por un grupo de laboratorios de investigación inmunológica que colaboran en todo Estados Unidos. Cada uno de los laboratorios aporta una experiencia única en un linaje celular particular, y todos están empleando procedimientos estandarizados para la clasificación de células. El compendio de datos de microarrays incluye actualmente más de 250 tipos de células inmunológicamente relevantes, procedentes de todos los órganos linfoides y otros tejidos que son controlados por las células inmunitarias.
PublicacionesEditar
A medida que se acumulaba el compendio se publicaba una serie de informes ImmGen. Algunos informes sobre linajes específicos describieron las células madre hematopoyéticas, las células asesinas naturales, los neutrófilos, los linfocitos B y T, las células asesinas naturales, los macrófagos, las células dendríticas, los linfocitos T alfa beta, los linfocitos T gamma delta, los linfocitos T CD8 activados, las células linfoides innatas y las células estromales de los ganglios linfáticos.Aunque la mayoría de los perfiles transcripcionales se realizaron en ratones B6, también se estudió el efecto de la variación genética.La segunda fase de ImmGen comenzó a perfilar las células inmunitarias activadas. Se utilizó la respuesta al interferón como caso de prueba.
Modelo bioinformático de red reguladora de genesEditar
Varios grupos de biólogos computacionales colaboradores (Regev & Koller) utilizaron los datos para realizar una ingeniería inversa de la red reguladora genética en las células inmunitarias, y compararla con el sistema inmunitario humano.Se llevó a cabo un estudio inicial del empalme diferencial entre los linajes inmunitarios utilizando tanto microarrays como secuenciación de ARN.
Representación visual de los datosEditar
Los participantes en el proyecto del Departamento de Ciencias de la Computación de la Universidad de Brown también están explorando nuevos modos de representación para los datos de ImmGen, desarrollando y curando la representación pública.
MiembrosEditar
Los laboratorios de Inmunología participantes son los de Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (Células T CD8 activadas, UCSD, San Diego), Kang (Células T gamma delta, U. Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, San Francisco), Mathis/Benoist (células T alfa beta, HMS, Boston), Merad y Randolph (monocitos & macrófagos, Mount Sinai, Nueva York y Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston) y Wagers (HSC, Joslin, Boston).
Trágicamente, Richard (Randy) Hardy (Fox Chase, Filadelfia), que fue miembro de ImmGen desde su inicio, falleció en junio de 2016.
Estado actualEditar
A partir de agosto de 2016, Immgen ha perfilado más de 250 poblaciones de células ingenuas en el ratón utilizando microarrays, y varias docenas de tipos de células activadas utilizando secuenciación de ARN.