Publikacje
W jednym z wczesnych dzieł, traktacie medycznym o zaletach mleka, Libellus de lacte et operibus lactariis (1545), zawarł list do przyjaciela, w którym wychwalał góry jako jeden z największych cudów natury. Ta wzmianka i późniejsza relacja o jego wspinaczce na górę Pilatus (1555) stanowią jeden z pierwszych zapisów o wspinaczce górskiej.
W 1545 roku Gesner opublikował swoją Bibliotheca universalis, pierwszą bibliografię w swoim rodzaju, wymieniając około 1800 autorów alfabetycznie z tytułami ich dzieł, adnotacjami, ocenami i komentarzami na temat charakteru i zasług każdej pozycji. Po tej monumentalnej publikacji w 1548 r. ukazało się dzieło encyklopedyczne Pandectarum sive Partitionum universalium Conradi Gesneri…libri xxi, w którym Gesner podjął próbę przeglądu zapisanej wiedzy o świecie w 21 działach. Pierwsze 19 ksiąg zostało opublikowanych w 1548 r.; ostatnia, poświęcona myśli teologicznej, ukazała się w 1549 r., natomiast dwudziesta, dotycząca medycyny, nigdy nie została ukończona.
Kolejnym monumentalnym osiągnięciem Gesnera było kompendium wiedzy o życiu zwierząt, Historiae animalium, w którym starał się on odróżnić zaobserwowane fakty od mitów i popularnych błędów. Pierwszy tom (1551), bogato ilustrowany, liczący 1100 stron folio, dotyczył czworonogów żyworodnych (zwierząt czworonożnych, które rodzą żywe młode). Późniejsze tomy poświęcone czworonogom jajorodnym (tym, które wylęgają młode z jaj), ptakom, rybom i innym zwierzętom wodnym ukazały się w latach 1554, 1555 i 1556; częściowo ukończony piąty tom, o wężach, został wydany pośmiertnie w 1587 r.
Gesner nigdy nie ukończył podobnie wyczerpującego przeglądu życia roślinnego, ale jego notatki i około 1500 drzeworytów roślin oraz ich ważnych kwiatów i nasion były wykorzystywane przez innych autorów przez dwa stulecia po jego śmierci. Chociaż za życia był najbardziej znany ze swoich prac botanicznych, Gesner opublikował również Mithridates: de differentis linguis (1555), opis około 130 znanych wówczas języków, oraz edycję (1556) dzieł rzymskiego pisarza z III w. Claudiusa Aeliana.