En marzo de 1946 se celebraron las primeras elecciones desde las fatídicas de 1936. Estas fueron defectuosas y, con la abstención de la extrema izquierda, dieron lugar a una amplia victoria de la derecha monárquica. En septiembre, un plebiscito emitió un voto a favor del regreso del rey Jorge II; éste murió a los seis meses y su hermano Pablo le sucedió. En este contexto, el país se deslizó hacia la guerra civil, ya que la extrema izquierda estaba indecisa sobre si trabajar dentro del sistema político o hacer una apuesta armada por el poder.

El punto de inflexión llegó con el establecimiento en octubre de 1946 de un Ejército Democrático controlado por los comunistas, y al año siguiente éstos establecieron un Gobierno Democrático Provisional. Aunque superados en número, los comunistas fueron capaces -con el apoyo logístico de los regímenes comunistas recién establecidos en el norte, junto con el hábil uso de tácticas de guerrilla- de controlar una amplia zona del norte de Grecia durante un período de tiempo considerable. Tras la declaración de la Doctrina Truman en marzo de 1947, que prometía el apoyo a los «pueblos libres» en su lucha contra la subversión interna, la marea empezó a cambiar gradualmente. Estados Unidos, asumiendo el antiguo papel de Gran Bretaña como principal patrocinador externo de Grecia, pronto proporcionó equipo militar y asesoramiento. La intervención norteamericana y las consecuencias de la ruptura entre Josip Broz Tito (bajo cuyo liderazgo acabaría uniéndose el Estado yugoslavo) y Stalin, combinadas con el faccionalismo y la alteración de las tácticas militares de la izquierda, contribuyeron a la derrota de las guerrillas comunistas en el verano de 1949.

Grecia salió de los laboriosos años cuarenta en un estado de devastación. El régimen político de la posguerra era claramente autoritario, y a partir de mediados de la década de 1950 Grecia experimentó un rápido pero desigual proceso de desarrollo económico y social, superando con creces a sus vecinos comunistas del norte en nivel de vida. La población de la gran Atenas se duplicó con creces entre 1951 y 1981, y a principios de los años 90 aproximadamente un tercio de toda la población se concentraba en la zona de la capital. Sin embargo, si la urbanización avanzó con rapidez y el nivel de vida aumentó rápidamente, las instituciones políticas del país no lograron seguir el ritmo de los rápidos cambios. La derecha mantuvo un firme control del poder durante la mayor parte del periodo comprendido entre 1952 y 1963 y no fue demasiado cuidadosa con los medios que empleó para conservarlo.

A principios de la década de 1960, sin embargo, el electorado -que ahora incluía a las mujeres- estaba cada vez más desilusionado con el legado represivo de la guerra civil y buscaba un cambio. Georgios Papandreu, cuyo Partido de la Unión de Centro obtuvo una amplia victoria en 1964, respondió a esta necesidad como primer ministro; sin embargo, la promesa de reforma y modernización se desvaneció con una nueva crisis en Chipre, y grupos del ejército conspiraron para subvertir las instituciones democráticas del país. Una campaña de guerrilla en Chipre -luchada desde mediados de la década de 1950 con tenacidad y crueldad por el general grecochipriota Georgios Grivas- tuvo como resultado en 1960 la concesión por parte de los británicos no de la unión con el Estado griego solicitada por la abrumadora mayoría grecochipriota de la isla, sino de la independencia. Sin embargo, en tres años los elaborados acuerdos de reparto de poder entre la mayoría griega y la minoría turca de la isla se habían derrumbado.

Durante y después de la guerra civil, las fuerzas armadas de Grecia habían llegado a considerarse no sólo como los guardianes del país contra la agresión extranjera, sino también como sus defensores contra la subversión interna. Cada vez veían más a Georgios Papandreu como un caballo de batalla para su hijo, Andreas Papandreu, mucho más radical y educado en Estados Unidos, que había regresado a Grecia y se había unido al gobierno de su padre.

En abril de 1967, oficiales de rango medio dirigidos por el coronel Georgios Papadopoulos lanzaron un golpe de estado destinado a frustrar una esperada victoria de la Unión de Centro en las elecciones previstas para mayo de ese año. Los conspiradores se aprovecharon de una prolongada crisis política, que tenía su origen en una disputa entre el joven rey Constantino II, que había sucedido a su padre, el rey Pablo, en el trono en 1964, y su primer ministro, Georgios Papandreu. Alternando políticas de mano dura y absurdas, los «Coroneles», como llegó a ser conocida la junta militar, gobernaron mal el país de 1967 a 1974. Tras un contragolpe fallido en diciembre de 1967, el rey Constantino se exilió y Papadopoulos asumió el papel de regente. En 1973 se abolió la monarquía y Grecia fue declarada república. Ese año, tras las protestas estudiantiles, que fueron violentamente reprimidas, el propio Papadopoulos fue derrocado desde dentro de la junta y sustituido por el aún más represivo general Demetrios Ioannidis, jefe de la temida policía militar.

En julio de 1974, a raíz de una disputa cada vez más amarga entre Grecia y Turquía por los derechos del petróleo en el Mar Egeo, Ioannidis, en busca de un triunfo nacionalista, lanzó un golpe para deponer a Makarios III, arzobispo y presidente de Chipre desde 1960. Makarios sobrevivió, pero el golpe desencadenó la invasión de la parte norte de la isla por parte de Turquía, que, junto con Gran Bretaña y Grecia, era garante del acuerdo constitucional de 1960. El ejército turco ocupó casi dos quintas partes de la superficie de la isla, a pesar de que la población turca constituía menos de una quinta parte de la población total. Ioannidis respondió a la invasión turca movilizándose para la guerra con Turquía. La movilización resultó caótica, sin embargo, y el régimen, amargamente impopular a nivel nacional y totalmente aislado a nivel diplomático, se derrumbó.