Muchos historiadores atribuyen a Lee ser el creador de las modernas comunicaciones de crisis. Su principal competidor en la nueva industria de las relaciones públicas era Edward Bernays, y se le atribuye el mérito de haber influido en Pendleton Dudley para que entrara en el entonces naciente campo.

En 1914 iba a entrar en las relaciones públicas a una escala mucho mayor cuando fue contratado por John D. Rockefeller Jr. para representar a su familia y a la Standard Oil («para pulir la imagen de la familia»), después de su sangrienta represión de la huelga de las minas de carbón en Colorado conocida como la «Masacre de Ludlow». Lee advirtió que los Rockefeller estaban perdiendo el apoyo de la opinión pública por haber ordenado la masacre de los trabajadores en huelga y sus familias (así como el incendio de sus casas). Desarrolló una estrategia que Junior siguió para repararlo. Fue necesario que Junior superara su timidez, fuera personalmente a Colorado para reunirse con los mineros y sus familias, inspeccionara las condiciones de los hogares y las fábricas, asistiera a los eventos sociales y escuchara las quejas (todo ello mientras era fotografiado para los comunicados de prensa). Este fue un consejo novedoso y atrajo la atención de los medios de comunicación, lo que abrió el camino para empapelar el conflicto y presentar una versión más humanizada de los ricos Rockefeller.

Lee dirigió las relaciones públicas de los Rockefeller y sus intereses corporativos, incluyendo una fuerte implicación en la construcción del Rockefeller Center, incluso después de que pasara a crear su propia empresa de consultoría. Fue la persona que llamó la atención de Junior sobre el plan original, no financiado, para la ampliación de la Ópera Metropolitana, y convenció a Junior para que renombrara el centro con el nombre de la familia en contra de los deseos de ésta.

Lee se convirtió en miembro inaugural del Consejo de Relaciones Exteriores de EE.UU. cuando se estableció en Nueva York en 1921. A principios de la década de 1920, promovió las relaciones amistosas con la Rusia soviética. En 1926, Lee escribió una famosa carta al presidente de la Cámara de Comercio de EE.UU. en la que presentaba un argumento convincente sobre la necesidad de normalizar las relaciones políticas y económicas entre EE.UU. y Rusia.

Su supuesta instrucción al hijo de la fortuna de la Standard Oil fue hacerse eco en las relaciones públicas en lo sucesivo: «Di la verdad, porque tarde o temprano el público se enterará de todos modos. Y si al público no le gusta lo que haces, cambia tus políticas y ponlas en consonancia con lo que la gente quiere». Se dice que el contexto de la cita es apócrifo, siendo difundida por Lee como autopromoción, lo que la hizo famosa e infame a la vez.

Lee es considerado el padre de la campaña moderna de relaciones públicas cuando, entre 1913 y 1914, presionó con éxito para conseguir un aumento de las tarifas ferroviarias por parte de un gobierno federal reacio.

Lee adoptó una filosofía consistente con lo que a veces se ha llamado el enfoque de «dos vías» de las relaciones públicas, en el que las relaciones públicas consisten en ayudar a los clientes a escuchar y a comunicar mensajes a sus públicos. Sin embargo, en la práctica, Lee a menudo se dedicaba a hacer propaganda en un solo sentido en nombre de clientes despreciados por el público. Poco antes de su muerte, en 1934, el Congreso de los Estados Unidos había investigado su trabajo en la Alemania nazi en nombre de la empresa IG Farben.

Lee también trabajó para la Bethlehem Steel Corporation, en cuyo cargo fue famoso por aconsejar a los directivos que hicieran una lista y numeraran sus principales prioridades cada día, y que trabajaran en las tareas en el orden de su importancia hasta que el tiempo diario lo permitiera, sin continuar hasta que una tarea estuviera terminada. Por esta sugerencia, el director de la empresa Charles M. Schwab le pagó posteriormente 25.000 dólares (el equivalente a 400.000 dólares en 2016), diciendo que había sido el consejo más rentable que había recibido. A lo largo de su carrera también fue asesor de relaciones públicas de George Westinghouse, Charles Lindbergh, John W. Davis, Otto Kahn y Walter Chrysler.