A excepción de algunas de las enzimas estudiadas originalmente, como la pepsina, la renina y la tripsina, la mayoría de los nombres de las enzimas terminan en «ase». La Unión Internacional de Bioquímica (UIB) inició unas normas de nomenclatura enzimática que recomiendan que los nombres de las enzimas indiquen tanto el sustrato sobre el que actúan como el tipo de reacción que catalizan. Según este sistema, la enzima uricasa se denomina urato: O2 oxidorreductasa, mientras que la enzima transaminasa glutámica oxalacética (GOT) se denomina L-aspartato: 2-oxoglutarato aminotransferasa.

Las enzimas pueden clasificarse por el tipo de reacción química que catalizan.

1. Adición o eliminación de agua
   1. Hidrolasas – incluyen esterasas, carbohidrasas, nucleasas, deaminasas, amidasas y proteasas
   2. Hidrasas como fumarasa, enolasa, aconitasa y anhidrasa carbónica
2. Transferencia de electrones
   1. Oxidasas
   2. Deshidrogenasas
3. Transferencia de un radical
   1. Transglicosidasas – de monosacáridos
   2. Transfosforilasas y fosfomutasas – de un grupo fosfato
   3. Transaminasas – de un grupo amino
   4. Transmetilasas – de un grupo metilo
   5. Transacetilasas – de un grupo acetilo
4. Dividir o formar un enlace C-C
   1. Desmolasas
5. Cambiar la geometría o la estructura de una molécula
   1. Isomerasas
6. Unir dos moléculas mediante la hidrólisis del enlace pirofosfato en el ATP u otro trifosfato
   1. Ligasas

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