La inmunocitoquímica difiere de la inmunohistoquímica en que la primera se realiza en muestras de células intactas a las que se les ha eliminado la mayor parte, si no toda, la matriz extracelular que las rodea. Esto incluye células individuales que han sido aisladas de un bloque de tejido sólido, células crecidas en un cultivo, células depositadas en suspensión o células tomadas de un frotis. Por el contrario, las muestras inmunohistoquímicas son secciones de tejido biológico, en las que cada célula está rodeada por la arquitectura del tejido y otras células que normalmente se encuentran en el tejido intacto.La inmunocitoquímica es una técnica que se utiliza para evaluar la presencia de una proteína o antígeno específico en las células (células cultivadas, suspensiones celulares) mediante el uso de un anticuerpo específico, que se une a él, permitiendo así su visualización y examen al microscopio. Es una herramienta valiosa para la determinación del contenido celular de células individuales. Las muestras que pueden analizarse incluyen frotis de sangre, aspirados, hisopos, células cultivadas y suspensiones celulares.
Hay muchas formas de preparar las muestras celulares para el análisis inmunocitoquímico. Cada método tiene sus propios puntos fuertes y características únicas, por lo que puede elegirse el método adecuado para la muestra y el resultado deseados.
Las células que se van a teñir pueden fijarse a un soporte sólido para permitir una fácil manipulación en los procedimientos posteriores. Esto puede lograrse mediante varios métodos: las células adherentes pueden cultivarse en portaobjetos de microscopio, cubreobjetos o un soporte de plástico ópticamente adecuado. Las células en suspensión pueden centrifugarse en portaobjetos de vidrio (citospin), unirse a un soporte sólido mediante enlaces químicos o, en algunos casos, manipularse en suspensión.
Las suspensiones celulares concentradas que existen en un medio de baja viscosidad son buenas candidatas para la preparación de frotis. Las suspensiones celulares diluidas que existen en un medio diluido son las más adecuadas para la preparación de citospinas mediante citocentrifugación. Las suspensiones celulares que existen en un medio de alta viscosidad, son las más adecuadas para ser analizadas como preparaciones de frotis. La constante entre estas preparaciones es que la célula completa está presente en la superficie del portaobjetos. Para que se produzca cualquier reacción intercelular, la inmunoglobulina debe atravesar primero la membrana celular que está intacta en estas preparaciones. Las reacciones que tienen lugar en el núcleo pueden ser más difíciles, y los fluidos extracelulares pueden crear obstáculos únicos en la realización de la inmunocitoquímica. En esta situación, se hace necesaria la permeabilización de las células con detergente (Triton X-100 o Tween-20) o la elección de fijadores orgánicos (acetona, metanol o etanol).
Los anticuerpos son una herramienta importante para demostrar tanto la presencia como la localización subcelular de un antígeno. La tinción celular es una técnica muy versátil y, si el antígeno está muy localizado, puede detectar hasta mil moléculas de antígeno en una célula. En algunas circunstancias, la tinción celular también puede utilizarse para determinar la concentración aproximada de un antígeno, especialmente mediante un analizador de imágenes.