Joly dejó Vivendi en 2004 para convertirse en presidente y director general de CWT. En enero de 2008, Joly fue anunciado como presidente y director general de Carlson Companies, un conglomerado internacional privado estadounidense del sector de las franquicias de hoteles, viajes y restaurantes que emplea a más de 175.000 personas en más de 160 países y territorios. Asumió el cargo en marzo de 2008 en sustitución de Marilyn Carlson Nelson, hija del fundador Curt Carlson. Bajo su liderazgo, CWT hizo crecer sus ventas anuales de 8.900 millones de dólares en 2003 a 25.500 millones de dólares en 2007.

El 17 de agosto de 2012, Joly dimitió de su cargo en Carlson para ocupar el puesto de consejero delegado en Best Buy. Bajo Joly y su transformación Renew Blue en Best Buy, las acciones de la compañía se triplicaron en 2013 con el enfoque de apostar por las tiendas de caja grande, un servicio al cliente superior, la selección de productos y servicios como el Geek Squad. Según The New York Times, el principal objetivo de Joly es igualar el precio más bajo, decidido a que un cliente que acudió a Best Buy como sala de exposición no tenga motivos para comprar en otro sitio. «La estrategia es muy simple», dijo al New York Times en 2012, poco después de asumir el cargo. «Creemos que la competitividad en precios es una apuesta de mesa. La forma en que queremos ganar es en torno al asesoramiento, la conveniencia, el servicio.»

El 20 de enero de 2017, un informe del periódico brasileño Valor Económico afirmó que Joly estaba siendo considerado para el puesto de CEO en Carrefour. Joly emitió un comunicado: «Ha habido informes de que estoy siendo considerado para un papel de CEO en otra empresa. Permítanme ser claro, estoy totalmente comprometido con la transformación continua de Best Buy y no tengo absolutamente ningún plan para irme».

Joly dejó de ser CEO de Best Buy en junio de 2019 para convertirse en presidente ejecutivo de la compañía. En junio de 2020, Joly dejó el cargo de presidente ejecutivo y comenzó a dar clases en la Harvard Business School como profesor titular de administración de empresas. Sigue siendo asesor del consejero delegado y del consejo de administración de Best Buy.

Joly es autor del próximo libro The Heart of Business, que será publicado por Harvard Business Review Press el 4 de mayo de 2021.