Una huaca podía construirse a lo largo de una línea o ruta ceremonial procesional, como se hacía para la realización del ritual sagrado dentro de la capital en el Cusco. Estas líneas se denominaban ceques. El trabajo de Tom Zuidema y Brian Bauer (UT-Austin) explora el rango de debate sobre su uso y significado.

Estas líneas fueron trazadas para expresar la cosmología de la cultura y a veces estaban alineadas astronómicamente con varias salidas y puestas del sol. Estas líneas estaban relacionadas con las ceremonias estacionales y el mantenimiento del tiempo (con fines agrícolas, ceremoniales y de registro). Estas líneas de ceque tienen un gran parecido con las líneas procesionales entre los mayas (sacbe), los chaqueños y los muiscas (Suna).

En ciertas huacas se erigían recintos especiales donde los sacerdotes componían elaborados rituales y cultura ceremonial religiosa. Por ejemplo, la ceremonia del sol se realizaba en el Cusco (Inti Raymi). Los incas elaboraron creativamente un sistema preexistente de veneración religiosa de los pueblos que acogieron en su imperio. Este intercambio aseguraba el cumplimiento adecuado entre los pueblos conquistados. Los incas también trasplantaron y colonizaron grupos enteros de personas de origen incaico con los pueblos recién adoptados para organizar una mejor distribución de personas incaicas en todo su imperio con el fin de evitar una resistencia generalizada. En este caso, las huacas y pacarinas se convirtieron en importantes centros de culto compartido y en un punto de unificación de pueblos étnica y lingüísticamente diversos. Contribuyeron a dar unidad y ciudadanía común a pueblos a menudo geográficamente dispares. Desde la época preincaica el pueblo desarrolló un sistema de peregrinaciones a estos diversos santuarios, antes de la introducción del catolicismo.