Historia temprana
Cuando los españoles llegaron a colonizar Honduras, la tierra estaba ocupada por una variedad de pueblos indígenas, los más avanzados de los cuales eran los mayas. El oro estimuló la conquista española de la zona a principios del siglo XVI, y la ciudad minera hondureña de Gracias se convirtió en la capital de la América Central española (la Audiencia de los Confines) en 1544. Sin embargo, en 1548 los españoles habían agotado el oro y Santiago (Antigua Guatemala) se convirtió en la nueva capital del Reino de Guatemala. Honduras, con su capital en Comayagua y la agricultura como base de su economía, era una provincia de ese reino (audiencia) dentro del Virreinato de Nueva España. En la década de 1570, un hallazgo de plata en el altiplano provocó una avalancha de buscadores en Honduras, lo que dio lugar al surgimiento de un importante núcleo de población en Tegucigalpa, que compitió a partir de entonces, especialmente en el siglo XVIII, con Comayagua. Sin embargo, la agricultura, base económica perdurable de Centroamérica, tardó en desarrollarse en Honduras. El desarrollo de la sociedad española en la zona de Honduras se vio obstaculizado por los ataques costeros de los piratas y bucaneros endémicos del Mar Caribe y, finalmente, por un esfuerzo concertado de los británicos para controlar las zonas costeras de Centroamérica. Durante largos periodos, los españoles utilizaron una defensa blanda contra la amenaza caribeña, replegándose a las tierras altas y a las zonas costeras del Pacífico, que en general estaban más cerca de su red de comunicación y transporte. Así, los británicos llegaron a controlar la región costera de Mosquito en el Caribe. Los pueblos Sambo-Miskito de la costa fueron los aliados indispensables de los británicos en este empeño. En el siglo XVIII, sin embargo, los reyes Borbones españoles hicieron un esfuerzo sostenido por recuperar las zonas costeras del Caribe, y su éxito en el Golfo de Honduras se manifestó con la finalización de un fuerte en Omoa, en el golfo, en 1779.
La independencia de España llegó en 1821 y la de México en 1823, cuando Honduras se unió a la formación de las Provincias Unidas de Centroamérica. Sin embargo, las fricciones entre las facciones liberales y conservadoras pronto socavaron la federación. En general, los liberales eran partidarios del republicanismo, de un comercio más libre, de una menor regulación gubernamental, de la eliminación de los poderes políticos y económicos del clero católico y de la imitación de modelos de desarrollo extranjeros. Los conservadores defendían al clero, se inclinaban por el monarquismo, desconfiaban de los modelos extranjeros y, en general, eran más tradicionales y pro-españoles. En 1830 un liberal hondureño, Francisco Morazán, se convirtió en presidente de esta federación, y durante una década promovió políticas liberales que restringían el poder y los privilegios tradicionales del clero y aumentaban las exportaciones agrícolas. La oposición conservadora y popular a las políticas liberales condujo al colapso de la federación, y Honduras declaró su independencia absoluta el 5 de noviembre de 1838. Los conservadores pro-eclesiásticos de Honduras tomaron el control bajo Francisco Ferrera, que se convirtió en el primer presidente constitucional el 1 de enero de 1841. A mediados del siglo XIX, a pesar de su declaración de soberanía, Honduras apoyó los esfuerzos por restaurar la unión centroamericana, mientras que su independencia real se vio gravemente limitada por sus vecinos más poderosos. La dominación conservadora duró hasta la década de 1870, durante la cual la iglesia recuperó su antigua posición y el gobierno hondureño firmó un concordato (1861) con la Santa Sede en Roma.
Después de 1871 el ascenso de Justo Rufino Barrios en Guatemala influyó en un retorno al liberalismo en Honduras, donde Marco Aurelio Soto, un liberal, asumió la presidencia (1876). En 1880 los liberales promulgaron una nueva constitución que pretendía deshacer la obra de los conservadores, y también trasladaron la capital de Comayagua a Tegucigalpa. Cinco años más tarde, los liberales de Honduras y otros países demostraron ser nacionalistas en primer lugar y bloquearon un intento de Guatemala de unificar el istmo por la fuerza. Los liberales siguieron dominando el país hasta bien entrado el siglo XX, fomentando la inversión extranjera y el crecimiento económico, aunque Honduras siguió siendo el estado más pobre del istmo.