Los manatíes del Amazonas son herbívoros, por lo tanto, no tienen incisivos ni dientes caninos, pero están bien equipados con molares diseñados para triturar la vegetación submarina. Curiosamente, y a diferencia de otros mamíferos, los manatíes amazónicos parecen regenerar los molares en la parte posterior de sus mandíbulas. Los molares desgastados que se caen son rápidamente reemplazados por nuevos molares que avanzan para cubrir los huecos.
Su disposición es tan dulce como su rostro, son animales dóciles que prefieren los lagos y lagunas de aguas negras más tranquilas. Estas zonas ofrecen abundante vegetación subacuática de la que pueden alimentarse. Cuando llega la estación seca y el agua de la selva inundada retrocede, los manatíes amazónicos pueden ayunar durante semanas o meses si la vegetación es escasa. Su dieta preferida incluye vegetación acuática y semiacuática, como hierbas, lechuga de agua, gusanos de vejiga, lirios de agua y jacintos de agua, y si algún fruto de palmera cae en el agua también lo comerán. En un día normal, un manatí amazónico puede alimentarse con entre el 5 y el 18% de su peso corporal. Si es necesario ayunar, sus reservas de grasa y sus bajas tasas metabólicas permiten al manatí amazónico sobrevivir hasta siete meses con poca o ninguna comida.
Como animal solitario, vaga por toda la cuenca del Amazonas y puede ser visto en Ecuador, Colombia, Perú, Bolivia, Venezuela, Guyana y Brasil. A veces el manatí solitario puede encontrarse en grupos de hasta ocho individuos. Se les puede encontrar alimentándose en la superficie de lagos y ríos. Es probable que los visitantes vean primero la nariz del manatí, ya que sale cada cuatro minutos a tomar aire fresco, con la nariz por delante. A diferencia de sus primos internacionales, el manatí amazónico habita exclusivamente en entornos de agua dulce.
En busca de alimento, los manatíes amazónicos siguen los movimientos estacionales del río Amazonas. Durante la estación húmeda los manatíes se desplazan hacia las zonas inundadas, ricas en nutrientes y con abundante vegetación, en cambio durante la estación seca se desplazan hacia aguas más profundas.
Los manatíes amazónicos se reproducen estacionalmente durante el período en que aumenta el nivel del agua. En Ecuador, la mayoría de los nacimientos se han reportado durante los meses de enero y junio, pero en general los nacimientos parecen ocurrir a menudo entre diciembre y julio, la mayoría ocurriendo durante febrero y mayo. El periodo de gestación es de doce a catorce meses y las hembras suelen tener otra cría cada dos años. Una vez nacidos, los cachorros son llevados en la espalda de sus madres o nadan cerca de ellas.
Los manatíes amazónicos controlan su temperatura corporal de una manera curiosa. Los esfínteres de sus vasos sanguíneos desvían el flujo de sangre a las zonas que están en contacto con el agua. Además, utilizan su grasa corporal para reducir la pérdida de calor. Esto es especialmente útil durante su caza nocturna, ya que los manatíes amazónicos son tanto diurnos como nocturnos.
Los depredadores naturales del manatí amazónico son los tiburones, los cocodrilos y los jaguares. Desgraciadamente, la grasa y la carne del manatí son muy apreciadas por los cazadores humanos que persiguen a este animal de movimientos lentos por lagos y arroyos. En Ecuador se desconoce el número exacto de manatíes, pero se cree que están en peligro crítico de extinción debido a la pérdida de hábitat, la pesca y la contaminación provocada por los proyectos de extracción de petróleo y los vertidos. Hermoso a su manera, el manatí amazónico es una especie vulnerable que puede beneficiarse enormemente del apoyo de todos los visitantes, tanto locales como extranjeros.