Colmillos y dientes
Como grupo, los gomphotheres tenían dientes con una corona más alta (es decir, dientes más largos que se extendían muy por debajo de la línea de las encías) que sus predecesores del Paleoceno y el Eoceno. Estos dientes, que se trituraban continuamente al masticar, permitían al animal consumir una dieta de vegetación gruesa y abrasiva. Los gomphotheres que vivían en los pantanos, como el Amebelodon y el Platybelodon, tenían colmillos en forma de pala que se extendían desde una mandíbula inferior sobresaliente y un conjunto de colmillos superiores cortos. Estos dientes aplanados parecen haber sido utilizados para recoger vegetación acuática blanda y desenterrar raíces. Sin embargo, los patrones de desgaste de los colmillos observados en un estudio sugieren que al menos algunos miembros de Platybelodon consumían corteza de árbol y hojas en hábitats terrestres. Estos animales se denominan a veces «colmillos de pala». Otros gomphotheres, como Gnathabelodon, tenían especializaciones ecológicas similares, pero, en lugar de colmillos inferiores, el margen de la mandíbula inferior era alargado, formando una cuchara.
Se cree que las mandíbulas de los gomphotheres eran similares a las de los elefantes modernos, en el sentido de que eran demasiado pequeñas para acomodar sus enormes dientes molares. Como resultado, los gomfoterios desarrollaron un sistema de reemplazo de dientes en forma de «cinta transportadora», en el que los dientes pequeños que se formaban al principio de la vida eran reemplazados desde atrás por dientes más grandes. Los molares estaban compuestos por secciones en forma de placa de esmalte, dentina y cemento apiladas de delante a atrás. Las placas creaban una serie de crestas nudosas que atravesaban cada diente desde la lengua hasta la mejilla, como en los elefantes modernos. Sin embargo, las placas de los gomfoterios eran menos numerosas que las de los elefantes vivos y tendían a tener cúspides redondeadas en sus superficies en lugar de las crestas uniformes que se encuentran en los elefantes modernos. Los gomphotheres se separan en dos grupos informales basados en la estructura de sus dientes molares. Los gomfoterios trilofodontes tenían tres placas en los dientes molares, y los tetralofodontes poseían una placa adicional, para un total de cuatro. Este último grupo estaba probablemente más relacionado con los verdaderos elefantes.
Muchos gomófteros masticaban moviendo sus mandíbulas de lado a lado, lo que permitía a los animales triturar la vegetación entre las placas cuspídeas. Aunque la mayoría de los gomphotheres probablemente tenían una dieta mixta de muchos tipos diferentes de vegetación, sus dientes chapados pueden haber sido especialmente adaptados para alimentarse de las hierbas que se generalizaron en los ecosistemas del mundo durante la época del Mioceno (hace 23 millones a 5,3 millones de años).