Excavata
Al igual que Rhizaria, los Excavata (Figuras 5(e)-5(j)) son principalmente una colección de protozoos, pero también incluyen un único grupo de algas secundarias. El ancestro común más reciente de los excavados fue un flagelado (probablemente un bacterívoro de vida libre) con un surco de alimentación ancho característico, y varios grupos de vida libre existentes todavía tienen esta forma celular básica (Simpson, 2003; por ejemplo, Figura 5(f)). Los excavados se dividen en dos subgrupos principales, Metamonada y Discoba (Hampl et al., 2009). Las metamónadas descienden de un ancestro común que había perdido la capacidad de realizar la respiración aeróbica y, en consecuencia, tienen mitocondrias muy modificadas de diversos tipos que carecen de genomas mitocondriales (Cavalier-Smith, 2003; Stairs et al., 2015). Muchas metamonas son de vida libre y habitan en entornos marinos o de agua dulce pobres en oxígeno (por ejemplo, Kolisko et al., 2010; Figura 5(f)), pero varios subgrupos se han convertido en parásitos especializados o simbiontes de animales. El parásito intestinal Giardia y el parásito urogenital Trichomonas vaginalis son patógenos humanos muy frecuentes (p. ej, Adam, 2001; Lehker y Alderete, 2000), sin embargo, también existe una espectacular diversidad de metamonas simbióticas en el intestino posterior de muchas termitas que se alimentan de madera (Brugerolle y Lee, 2002a,b; Figura 5(e)).
La mayoría de los Discoba tienen mitocondrias aeróbicas con genomas organelares, de hecho, el pequeño grupo de flagelados Jakobida (e.g, Reclinomonas y Andalucia) tienen genomas mitocondriales que conservan más genes únicos, y más rasgos bacterianos, que los de cualquier otro eucariota (Burger et al., 2013; Lang et al., 1997). Los Discoba también incluyen a los Heterolobosea (Figura 5(g)), muchos de los cuales tienen fases alternas de ameba y flagelado (la infame «ameba comecerebros» Naegleria fowleri es un heterolobosea; véase Visvesvara, 2013). El último grupo importante de Discoba, Euglenozoa, incluye numerosos protozoos flagelados que son abundantes bacterívoros asociados a la superficie y depredadores de eucariotas microbianos (por ejemplo, los kinetoplástidos «bodónidos» y los euglénidos fagotróficos; Boenigk y Arndt, 2002; Larsen y Patterson, 1990; Figura 5(j)). También incluye los kinetoplástidos parasitarios que causan la enfermedad del sueño, la enfermedad de Chagas y la leishmaniasis en humanos (todas ellas causadas por diferentes tripanosomátidos; Figura 5(h)), y varias enfermedades importantes de animales y algunas plantas (Simpson et al., 2006; Vickerman, 2002). Euglenozoa es también el hogar taxonómico de los euglénidos fotosintéticos, que son algas secundarias con un plástido de origen de algas verdes (ver arriba; Figura 5(i)).