El Mar Báltico, una de las mayores zonas de agua salobre del mundo, puede caracterizarse como un mar joven y frío que contiene un ecosistema empobrecido debido al estrés por salinidad. El actual Mar Báltico se formó hace entre 2000 y 2500 años, cuando los sonidos daneses se hicieron más estrechos y poco profundos. La entrada de agua dulce procedente de las zonas terrestres circundantes hizo que el Báltico adquiriera gradualmente su carácter salobre. En la actualidad, el Báltico cubre una superficie de unos 366.000 km2 como una serie de cuencas separadas por zonas menos profundas y llenas de unos 22.000 km3 de agua salobre. Estas cuencas son, de norte a sur, el Golfo de Botnia, el Golfo de Finlandia, el Mar de Gotland y el Mar de Bornholm. El gradiente climático va desde unas condiciones casi árticas en el extremo norte hasta un clima más marítimo en las partes meridionales. El agua salada del Mar del Norte está conectada con el Báltico a través del Kattegat, que es poco profundo, y de las fosas de los sonidos daneses. La entrada de agua salada se produce de dos maneras diferentes, a saber, como un flujo continuo a lo largo del fondo debido al gradiente de salinidad y como pulsos de agua salada generados por la distribución de la presión atmosférica y la dirección del viento. La entrada de agua dulce (500 km3), procedente principalmente de los grandes ríos, equivale aproximadamente a la salida neta y acentúa la corriente en dirección sur a lo largo de la costa sueca, que también compensa la entrada de agua salada. En el sur del Báltico se observan movimientos de marea, pero son de menor importancia para el sistema. El tiempo de residencia de la masa de agua total es de 25 años y las condiciones hidrográficas dentro de las diferentes cuencas son estables y están dominadas por una haloclina permanente y una termoclina que se desarrolla cada primavera. La salinidad oscila entre 1-2 por mil en la parte más interna del Golfo de Botnia y 10-15 por mil en el Mar de Bornholm. La mezcla vertical total tiene lugar durante el invierno, al menos en las partes septentrionales del mar. Debido al gradiente climático, la condición del hielo difiere de unos cuatro meses de cobertura total de hielo en las partes interiores del Golfo de Botnia a un mes o menos de hielo costero en la parte sur del Báltico. Así, el efecto estacional es más pronunciado en las partes septentrionales.

Los sistemas de vida del Báltico son reducidos y se adaptan a estas condiciones variables. Al comparar los fondos blandos más profundos del Golfo de Botnia con el resto del Báltico, se observa el siguiente patrón. La productividad primaria pelágica aumenta en un factor 6 de norte a sur. Las partes meridionales del mar muestran un pico primaveral pronunciado, mientras que en el norte el desarrollo primaveral se retrasa o se sustituye por un máximo estival. El aumento total de la biomasa de la macrofauna es llamativo, ya que pasa de aproximadamente 1 g.m-2 (en peso) en el norte a 100 g.m-2 (en peso) o más en el sur. Las biomasas de la meiofauna y el zooplancton muestran menos variabilidad. La meiofauna aumenta en un factor de 2 a 4, dando una biomasa de aproximadamente el doble de la macrofauna en la parte más septentrional. La bajísima salinidad de esta zona provoca la exclusión de los bivalvos (filtradores) de la fauna. Los datos disponibles, unidos a la elevada tasa metabólica de la meiofauna, siguen aproximadamente los cambios en la productividad primaria dentro del Mar Báltico. La relación cambiante entre la macro y la meiofauna, así como los resultados de los estudios intensivos del anfípodo macrobentónicoPontoporeia affinis (Lindström), sugieren que la macrofauna está regulada principalmente por la limitación de alimentos y que los sistemas bentónicos y pelágicos están estrechamente acoplados.