Kolokalizace v mikroskopii označuje různé metody analýzy dat, které charakterizují míru překrytí dvou kanálů v obraze (konvenčně nazývaných R a G kanály nebo červený a zelený kanál, nezávisle na vlnové délce, kterou skutečně zaznamenaly). Typickou aplikací ve fluorescenční mikroskopii je studium přítomnosti dvou značených cílů ve stejné oblasti buňky.
Pro přístupný úvod viz Koeficienty kolokace a Základy kolokace.
Myslete na to, že rozmazání a šum ovlivňují kolokaci.
Podrobněji viz Analyzátor kolokace a Teorie kolokace.

Kolokace objektů

Všimněte si, že Analyzátor objektů v softwaru Huygens poskytuje také měření kolokace na úrovni objektu. Analyzátor kolokalizace pracuje spíše na úrovni celého obrazu, přestože lze snadno získat některé lokální statistiky kolokalizačních oblastí.
Oba analyzátory pracují v tomto smyslu komplementárně.

• Analyzátor objektů umožňuje definovat objekty (viz Segmentace objektů) a zjistit, jak moc se překrývají, ať už objemově nebo intenzitou. Takto definované objekty se mohou překrývat s jinými objekty, nebo také ne. Objekty, které se vůbec nekolokují, můžete odfiltrovat.
• Analyzátor kolokace zkoumá celý obraz a hledá kolokující oblasti na základě obvyklých koeficientů kolokace. Tyto oblasti jsou pak segmentovány a považovány za objekty k analýze. Tyto objekty jsou tedy vždy svazky průsečíků.