ResourceiPSCORE: A Resource of 222 iPSC Lines Enabling Functional Characterization of Genetic Variation across Variety of Cell Types

Velké kolekce indukovaných pluripotentních kmenových buněk (iPSC) by mohly sloužit jako výkonné modelové systémy pro zkoumání vlivu genetických variací na biologii a nemoci. Zde popisujeme zdroj iPSCORE: sbírku systematicky odvozených a charakterizovaných linií iPSC od 222 etnicky různorodých jedinců, která umožňuje jak rodinné, tak asociační genetické studie. iPSCORE linie jsou pluripotentní s vysokou genomickou integritou (žádný nebo nízký počet somatických variant počtu kopií), jak bylo stanoveno pomocí vysoce výkonného sekvenování RNA, respektive genotypovacích polí. Pomocí iPSC z rodiny jedinců jsme ukázali, že kardiomyocyty odvozené z iPSC vykazují vzorce genové exprese, které se shlukují podle genetického pozadí, a lze je použít ke zkoumání variant spojených s fyziologickými a chorobnými fenotypy. Sbírka iPSCORE obsahuje reprezentativní jedince pro rizikové a nerizikové alely pro 95 % SNP spojených s lidskými fenotypy prostřednictvím celogenomových asociačních studií. Naše studie ukazuje užitečnost iPSCORE pro zkoumání vlivu genetických variant na molekulární a fyziologické znaky v iPSC a odvozených buněčných liniích.

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna.