Město Boerne v. Flores, případ, ve kterém Nejvyšší soud USA 25. června 1997 rozhodl (6-3), že zákon o obnově náboženské svobody (RFRA) z roku 1993 překračuje pravomoci Kongresu. Podle soudu byl sice zákon v souladu s ústavou, pokud jde o federální opatření, ale nemohl se vztahovat na státy.

V texaském městě Boerne se místní katolický kostel, tradiční budova ve stylu adobe, stal pro své věřící příliš malým a v roce 1993 požádal Patrick F. Flores, arcibiskup ze San Antonia, o povolení kostel rozšířit. Městská rada povolení zamítla s odvoláním na nařízení, jehož cílem bylo zachovat historickou čtvrť. Flores podal žalobu a tvrdil, že zamítnutí povolení porušilo zákon RFRA, který uvádí, že „státní správa nesmí podstatně zatěžovat výkon náboženského vyznání, i když toto zatížení vyplývá z obecně platného pravidla“. Zákon se vztahoval na federální i státní vládu.

RFRA přišla tři roky po případu Employment Division, Department of Human Resources of Oregon v. Smith (1990), v němž Nejvyšší soud rozhodl, že stát může odepřít podporu v nezaměstnanosti členům indiánské církve, kteří byli propuštěni z práce, protože požívali peyotl pro svátostné účely; soud vysvětlil, že zákony, které jsou oficiálně neutrální s ohledem na náboženství, může vláda uplatňovat. V reakci na to Kongres přijal zákon RFRA, který vládám ztěžuje potlačování náboženských svobod. Při rozšíření působnosti zákona na vlády jednotlivých států se Kongres opíral o článek 5 čtrnáctého dodatku, který mu dává pravomoc prosazovat ustanovení tohoto dodatku; čtrnáctý dodatek vyžaduje řádný proces před zbavením života, svobody nebo majetku a rovnou ochranu podle zákona.

V případě Flores rozhodl federální okresní soud ve prospěch Boerne a rozhodl, že RFRA je protiústavní. Pátý obvodní odvolací soud však rozhodnutí zvrátil, když shledal, že zákon je v souladu s ústavou.

Případ byl projednáván před Nejvyšším soudem 19. února 1997. Rozhodl, že Kongres nemá neomezený prostor pro přijímání zákonů podle oddílu 5 čtrnáctého dodatku. Kongres má pouze pravomoc prosazovat ustanovení, rozhodl soud, ale nesmí měnit právo, které prosazuje. Ve skutečnosti má Kongres nápravnou pravomoc, aby zabránil zneužití podle čtrnáctého dodatku. Pro ilustraci tohoto bodu soud citoval zákon o volebních právech z roku 1965. Soud tento zákon v různých případech podpořil a shledal, že Kongres má právo přijmout silná „nápravná a preventivní opatření“ k nápravě „rozšířené a přetrvávající rasové diskriminace“ ve Spojených státech. V případě RFRA však soud zjistil, že v legislativní historii zákona chybí „příklady jakýchkoli případů obecně platných zákonů přijatých z důvodu náboženského fanatismu v posledních 40 letech“. Dále soud shledal, že zákon je „natolik nepřiměřený předpokládanému nápravnému nebo preventivnímu cíli, že jej nelze chápat jako reagující na protiústavní chování nebo určený k jeho prevenci.“

Dále soud shledal, že RFRA je příliš široká a vedla by k zásahům na všech úrovních státní správy. Soud si kladl otázku, jak by určil, zda vládní opatření podstatně zatěžuje náboženskou svobodu osoby. Soud dospěl k závěru, že RFRA představuje „značný zásah Kongresu do tradičních výsad a obecných pravomocí států“, a proto je při aplikaci na státy protiústavní. Rozhodnutí pátého obvodu bylo zrušeno.

.