Izabela neopustila Portugalsko ještě osm týdnů. Její otec nechal připravit flotilu a trosečníky a 19. října 1429 s flotilou asi 20 lodí Isabela – v doprovodu téměř 2000 Portugalců – navždy opustila Portugalsko. Po jedenáctitýdenní cestě, kdy flotilu sužovaly bouře, které způsobily ztrátu několika lodí a velké části svatební výbavy, dorazil konvoj 25. prosince 1429 do Sluys. Vévodkyně se vylodila následujícího dne a o dva týdny později, 7. ledna 1430, zde s Filipem uzavřeli formální církevní sňatek.
Svým manželem a v doprovodu namurské hraběnky Jeanne de Harcourt pak Isabella procestovala hlavní území Burgundska: Z Gentu (16. ledna) do Kortrijku (13. února), do Lille a dále do Bruselu, Arrasu, Péronne-en-Mélantois, Mechelenu a v polovině března do Noyonu, kde se Isabela, nyní těhotná, rozhodla přes jaro odpočívat a odjela, až když Johanka z Arku vedla tažení proti nedalekému Compiègne. Poté se vrátila do Gentu, kde řešila potenciální povstání cechů.
Izabela zpočátku nebyla připravena na okázalý styl dvorského života v Burgundsku, který patřil k nejextravagantnějším v Evropě. Portugalská infantka, kterou burgundské velvyslanectví, jež vyjednávalo o jejím sňatku, popsalo tak, že při prvním setkání vypadala v jejich očích jako jeptiška a nyní se oblékala do volných šatů a plochých přehozů, aby skryla své těhotenství, působila na novém dvoře obzvlášť strhaně. Ještě více však Isabelu rozrušovalo chování jejího manžela. Při jejím prvním příjezdu ji zahrnoval dary a ještě více, když otěhotněla; přesto dával najevo, že nemá v úmyslu dodržet slib věrnosti a čistoty. Jako milenky si vydržoval řadu žen, z nichž většina žila mimo dvůr, a až 50 nemanželských dětí.
Izabella porodila své první dítě 30. prosince 1430 v Coudenbergu v Bruselu, rok po svatbě. Dítě, Antoine, po narození nemocné, bylo pokřtěno 16. ledna 1431 a brzy poté oba rodiče odjeli za vévodskými záležitostmi. Na podzim téhož roku Isabella opět čekala jejich druhého syna Josefa; důležitější však bylo, že se svým manželem strávila dlouhou souvislou dobu a prokázala svou inteligenci a schopnosti, stejně jako oddanost burgundské nezávislosti. Z tohoto důvodu, když v lednu 1432 začal francouzský král Karel VII. útočit na Burgundsko, Filip – odjíždějící z Coudenburgu bránit Dijon – jí nařídil, aby ho v době jeho nepřítomnosti zastupovala. Antoine i Josef v roce 1432 zemřeli, ale vévodkyně poté 10. listopadu 1433 porodila budoucího Karla Smělého.
Izabella byla kultivovaná a inteligentní žena, která se ráda obklopovala umělci a básníky. Byla štědrou mecenáškou umění. V politice měla velký vliv na svého syna, ale ještě větší na svého manžela, kterého zastupovala na několika diplomatických konferencích a za kterého v době jeho nepřítomnosti vládla. Především vyjednala mnoho sňatků členů svého dvora, mezi nimi i sňatek svého syna Karla s Kateřinou Francouzskou. Zvláštní péči věnovala také Marii z Guelders, která Kateřinu navštěvovala. Isabela jí pomohla sjednat sňatek se skotským králem Jakubem II.
, díky němuž se stala královnou.