Imunofenotypizace je technika používaná ke studiu proteinů exprimovaných buňkami. Tato technika se běžně používá v základním vědeckém výzkumu a pro účely laboratorní diagnostiky. Lze ji provádět na tkáňovém řezu (čerstvá nebo fixovaná tkáň), buněčné suspenzi atd. Příkladem je detekce nádorového markeru, např. při diagnostice leukémie. Zahrnuje značení bílých krvinek protilátkami namířenými proti povrchovým proteinům na jejich membráně. Výběrem vhodných protilátek lze přesně určit diferenciaci leukemických buněk. Označené buňky se zpracovávají v průtokovém cytometru, laserovém přístroji schopném analyzovat tisíce buněk za sekundu. Celý postup lze provést na buňkách z krve, kostní dřeně nebo mozkomíšního moku během několika hodin.

Příklad informací poskytnutých prostřednictvím imunofenotypizace: „Zpráva o průtokové cytometrické imunofenotypizaci ukázala, že maligní buňky byly pozitivní na CD19, CD10, dimCD20, CD45, HLA-DR a lehký řetězec imunoglobulinu λ. Na základě výsledků průtokové cytometrie byla zjištěna pozitivita CD19, CD10, dimCD20, CD45 a HLA-DR. U monoklonální populace B-buněk nebyla zjištěna koexprese CD5 nebo CD23.“

Immunofenotypizace je velmi rozšířený test průtokové cytometrie, při kterém se jako sondy používají protilátky konjugované s fluoroforem pro barvení cílových buněk s vysokou aviditou a afinitou. Tato technika umožňuje rychlou a snadnou fenotypizaci každé buněčné linie v heterogenním vzorku podle přítomnosti nebo nepřítomnosti kombinace proteinů. Tím se zvyšuje viditelnost v komplexních vzorcích.